メタデータの例

2014-05-12: 全ての technical reads (アダプター,プライマーやバーコード配列)を除去したシークエンスデータを登録してください。Technical reads を含むデータを登録する場合は Experiment XML を作成し,下記の例を参考に <SPOT_DESCRIPTOR>で technical reads を記載する必要があります。

Experiment (Spot, Platform)*

454 single reads*

リード

Read composition

Read Index :01
Read :TCAGATAGAGTTGATCCTGGCTCAT……………
Base Coordinate :1
5
80
Read Type :AdapterForward

454 paired reads*

リード

Read composition

Read Index :0123
Read :TCAGATAGAGT……………CCTGGTCGTAT……………TATTACGCTCAT……………
Base Coordinate :15
Read Type :AdapterForwardLinkerForward

Illumina single reads*

リード

Read composition

Read Index :0
Read :ATAGAGTTGATCCTGG……………CCTGGCTCA
Base Coordinate :
1
72
Read Type :Forward

Illumina paired reads*

リード

Read composition

Read Index :01
Read :ATAGAGTTGATCCTGG……………CCTGGCTCATCAGTTGAT……………
Base Coordinate :1
101
200
Read Type :ForwardReverse

SOLiD single reads*

リード

Read composition

Read Index :0
Read :TTGATCCTGG……………CGCTCA
Base Coordinate :
1
50
Read Type :Forward

SOLiD paired reads*

リード

Read composition

Read Index :01
Read :ATCCTGG……………CATCAGTTGAT……………
Base Coordinate :1
26
50
Read Type :ForwardForward

Ion torrent single reads*

リード

Read composition

Read Index :0
Read :AGCCGTATATAG……………CGTCAGAA
Base Coordinate :
1
(x)
Read Type :Forward

PacBio single reads (Standard sequencing)*

PacBio single reads (Circular consensus sequencing)*

Barcode data: pooled single reads*

リード

Read composition

Read Index :01
Read :CAACTAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAA……………
Read :CAGTCGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGC……………
Read :CCAACGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAAC……………
Base Coordinate :16
Read Type :BarCodeForward

data validation でエラーになる典型的な例*

data validation でエラーになった場合, validation プロセスを停止し,メタデータを修正するかデータファイルを再アップロードしてください。

Application read のないリード*

リード

Read composition

Read Index :01
Read :ATCCGGCATCAGTTGAT…………………………………………………
Base Coordinate :1
7
50
Read Type :PrimerLinker (少なくとも一つの application を持っている必要がある)

矛盾する塩基座標を持つリード*

リード 1

Read composition

Read Index :01
Read :ATCCGG……………CATCAG……………
Base Coordinate :1
1 (1 以上である必要がある)
Read Type :ForwardReverse

リード 2

Read composition

Read Index :012
Read :TCAGATAGAGTTG………TCGTATAACTTCGTATAATGTATGCTATACGAAGTT
Base Coordinate :154 (5 以上である必要がある)
Read Type :AdapterForwardReverse

リード 3

Read composition

Read Index :01
Read :ATCCGGGTGTGTCATCAGCATCAG……………
Base Coordinate :2 (1 から始まる必要がある)
19
Read Type :AdapterForward

位置の特定できない Relative order を持ったリード*

リード

Read composition

Read Index :0123
Read :TCAGATAGA………………………………CTCAT…………………………………………………………
Base Coordinate :15
Read Type :AdapterForwardLinkerForward (この forward の位置が特定できない)