メタデータの例

メタデータ作成ツールは technical read (アダプター,プライマーやバーコード配列) の記載に対応していません。Technical read を含むデータを登録する場合は Experiment XML を作成し,下記の例を参考に <SPOT_DESCRIPTOR>で technical read を記載する必要があります。

Experiment (Spot, Platform)*

454 single reads*

リード

Read composition

Read Index : 0 1
Read : TCAG ATAGAGTTGATCCTGGCTCAT……………
Base Coordinate : 1
5
80
Read Type : Adapter Forward

454 paired reads*

リード

Read composition

Read Index : 0 1 2 3
Read : TCAG ATAGAGT……………CCTGG TCGTAT……………TATTACG CTCAT……………
Base Coordinate : 1 5
Read Type : Adapter Forward Linker Forward

Illumina single reads*

リード

Read composition

Read Index : 0
Read : ATAGAGTTGATCCTGG……………CCTGGCTCA
Base Coordinate :
1
72
Read Type : Forward

Illumina paired reads*

リード

Read composition

Read Index : 0 1
Read : ATAGAGTTGATCCTGG…………… CCTGGCTCATCAGTTGAT……………
Base Coordinate : 1
101
200
Read Type : Forward Reverse

SOLiD single reads*

リード

Read composition

Read Index : 0
Read : TTGATCCTGG……………CGCTCA
Base Coordinate :
1
50
Read Type : Forward

SOLiD paired reads*

リード

Read composition

Read Index : 0 1
Read : ATCCTGG…………… CATCAGTTGAT……………
Base Coordinate : 1
26
50
Read Type : Forward Forward

Ion torrent single reads*

リード

Read composition

Read Index : 0
Read : AGCCGTATATAG……………CGTCAGAA
Base Coordinate :
1
(x)
Read Type : Forward

PacBio single reads (Standard sequencing)*

PacBio single reads (Circular consensus sequencing)*

data validation でエラーになる典型的な例*

data validation でエラーになった場合, validation プロセスを停止し,メタデータを修正するかデータファイルを再アップロードしてください。

Application read のないリード*

リード

Read composition

Read Index : 0 1
Read : ATCCGG CATCAGTTGAT…………………………………………………
Base Coordinate : 1
7
50
Read Type : Primer Linker (少なくとも一つの application を持っている必要がある)

矛盾する塩基座標を持つリード*

リード 1

Read composition

Read Index : 0 1
Read : ATCCGG…………… CATCAG……………
Base Coordinate : 1
1 (1 以上である必要がある)
Read Type : Forward Reverse

リード 2

Read composition

Read Index : 0 1 2
Read : TCAG ATAGAGTTG……… TCGTATAACTTCGTATAATGTATGCTATACGAAGTT
Base Coordinate : 1 5 4 (5 以上である必要がある)
Read Type : Adapter Forward Reverse

リード 3

Read composition

Read Index : 0 1
Read : ATCCGGGTGTGTCATCAG CATCAG……………
Base Coordinate : 2 (1 から始まる必要がある)
19
Read Type : Adapter Forward

位置の特定できない Relative order を持ったリード*

リード

Read composition

Read Index : 0 1 2 3
Read : TCAG ATAGA…………… ………………… CTCAT…………………………………………………………
Base Coordinate : 1 5
Read Type : Adapter Forward Linker Forward (この forward の位置が特定できない)

Experiment (Pipeline)*

Experiment XML Pipeline の例1*

Experiment XML Pipeline の例2*