Sequence Read Archiveメタデータの例
- Experiment (Spot, Platform)
- 454 single reads
- 454 paired reads
- Illumina single reads
- Illumina paired reads
- SOLiD single reads
- SOLiD paired reads
- PacBio single reads (Standard sequencing)
- PacBio single reads (Circular consensus sequencing)
- Barcode data: pooled single reads
- data validation でエラーになる典型的な例
- Application read のないリード
- 矛盾する塩基座標を持つリード
- 位置の特定できない Relative order を持ったリード
- メタデータオブジェクトの構成
- 一般的なデータ
- 複数の Experiment
- 複数の Sample
- 複数の Study
- 複数の Submission
Experiment (Spot, Platform)
454 single reads
リード
| Read Index : | 0 | 1 |
| Read : | TCAG | ATAGAGTTGATCCTGGCTCAT…………… |
| Base Coordinate : | 1 | 5 80 |
| Read Type : | Adapter | Forward |
454 paired reads
リード
| Read Index : | 0 | 1 | 2 | 3 |
| Read : | TCAG | ATAGAGT……………CCTGG | TCGTAT……………TATTACG | CTCAT…………… |
| Base Coordinate : | 1 | 5 | ||
| Read Type : | Adapter | Forward | Linker | Forward |
Illumina single reads
リード
| Read Index : | 0 |
| Read : | ATAGAGTTGATCCTGG……………CCTGGCTCA |
| Base Coordinate : | 1 72 |
| Read Type : | Forward |
Illumina paired reads
リード
| Read Index : | 0 | 1 |
| Read : | ATAGAGTTGATCCTGG…………… | CCTGGCTCATCAGTTGAT…………… |
| Base Coordinate : | 1 | 101 200 |
| Read Type : | Forward | Reverse |
SOLiD single reads
リード
| Read Index : | 0 |
| Read : | TTGATCCTGG……………CGCTCA |
| Base Coordinate : | 1 50 |
| Read Type : | Forward |
SOLiD paired reads
リード
| Read Index : | 0 | 1 |
| Read : | ATCCTGG…………… | CATCAGTTGAT…………… |
| Base Coordinate : | 1 | 26 50 |
| Read Type : | Forward | Forward |
PacBio single reads (Standard sequencing)
PacBio single reads (Circular consensus sequencing)
Barcode data: pooled single reads
リード
| Read Index : | 0 | 1 |
| Read : | CAACT | AGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAA…………… |
| Read : | CAGTC | GTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGC…………… |
| Read : | CCAAC | GAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAAC…………… |
| Base Coordinate : | 1 | 6 |
| Read Type : | BarCode | Forward |
data validation でエラーになる典型的な例
data validation でエラーになった場合， validation プロセスを停止し，メタデータを修正するかデータファイルを再アップロードしてください。
Application read のないリード
リード
| Read Index : | 0 | 1 |
| Read : | ATCCGG | CATCAGTTGAT………………………………………………… |
| Base Coordinate : | 1 | 7 50 |
| Read Type : | Primer | Linker (少なくとも一つの application を持っている必要がある) |
矛盾する塩基座標を持つリード
リード 1
| Read Index : | 0 | 1 |
| Read : | ATCCGG…………… | CATCAG…………… |
| Base Coordinate : | 1 | 1 (1 以上である必要がある) |
| Read Type : | Forward | Reverse |
リード 2
| Read Index : | 0 | 1 | 2 |
| Read : | TCAG | ATAGAGTTG……… | TCGTATAACTTCGTATAATGTATGCTATACGAAGTT |
| Base Coordinate : | 1 | 5 | 4 (5 以上である必要がある) |
| Read Type : | Adapter | Forward | Reverse |
リード 3
| Read Index : | 0 | 1 |
| Read : | ATCCGGGTGTGTCATCAG | CATCAG…………… |
| Base Coordinate : | 2 (1 から始まる必要がある) | 19 |
| Read Type : | Adapter | Forward |
位置の特定できない Relative order を持ったリード
リード
| Read Index : | 0 | 1 | 2 | 3 |
| Read : | TCAG | ATAGA…………… | ………………… | CTCAT………………………………………………………… |
| Base Coordinate : | 1 | 5 | ||
| Read Type : | Adapter | Forward | Linker | Forward (この forward の位置が特定できない) |
メタデータオブジェクトの構成例
登録者は実際のデータにあわせて柔軟にオブジェクトを構成することができます。
一般的なデータ
複数の Experiment
複数の Sample
複数の Study
複数の Submission
