用語: 402 件

ACCESSION
DDBJ/EMBL/GenBank アクセッション番号 Type: varchar(30) Example: AC22227 は配列データを配列データベース (DDBJ/EMBL/GenBank) に登録することで割り振られます。いくつかの種類の trace (特に WGS) では記載できません。アクセッション番号により Trace Archive の1次配列データと配列データベースの2次配列データが結び付きます。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
Adapter Spec
シークエンス手法によっては,スポットから得られる情報を解釈するためにシークエンシングアダプター,アダプターの最後の塩基に関する情報が必要になります。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
Agency
研究費助成機関の名前。例: Japan Society for the Promotion of Science。
データベース: BioProject; カテゴリー: General info
Agency abbreviation
研究助成機関の名前の略称。例: JSPS。
データベース: BioProject; カテゴリー: General info
Alias
自動的に Experiment に付けられる名前。アクセッション番号のないオブジェクトは Alias で参照されます。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
Alias
自動的に Run に付けられる名前。アクセッション番号のないオブジェクトは Alias で参照されます。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Run
Alias
自動的に Analysis に付けられる名前。アクセッション番号のないオブジェクトは Alias で参照されます。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Analysis
AMPLIFICATION_FORWARD
テンプレートの増幅用フォワードプライマーの塩基配列 Type: varchar(100) Example: GGATTCTGACTAACGAGC 配列決定のために用いられたテンプレート増幅用プライマーの配列を記載します。次の場合に必須です:=PCR or RT-PCR。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
AMPLIFICATION_REVERSE
テンプレートの増幅用リバースプライマーの塩基配列 Type: varchar(100) Example: GGATTCTGACTAACGAGC 配列決定のために用いられたテンプレート増幅用プライマーの配列を記載します。次の場合に必須です:=PCR or RT-PCR。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
AMPLIFICATION_SIZE
プライマーペアによる増幅断片長 Type: int Example: 500 にはのプライマーペアによって増幅される断片の長さを塩基対数で記載します。=PCR の場合はゲノム DNA,=RT-PCR の場合は転写産物を増幅した断片長になります。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
Analysis Center
解析を行った組織の Center Name。Center Name リスト。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Analysis
Analysis Date
解析を行った日付。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Analysis
Analysis Type
Analysis の種類を選択します。アライメントデータは Run に登録します。
Analysis Type Description
De Novo Assembly A placement of sequences including trace, SRA, GI records into a multiple alignment from which a consensus is computed..
Sequence Annotation Per sequence annotation of named attributes and values.
Example: Processed sequencing data for submission to dbEST without assembly.
Reads have already been submitted to one of the sequence read archives in raw form.
The fasta data submitted under this analysis object result from the following treatments, which may serve to filter reads from the raw dataset:
    - sequencing adapter removal
    - low quality trimming
    - poly-A tail removal
    - strand orientation
    - contaminant removal.
Abundance Measurement Identify the tools and processing steps used to produce the abundance measurements (coverage tracks).
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Analysis
ANONYMIZED_ID
個人に対する匿名化された ID Type: varchar(100) Example: 2222anonym ドナーの匿名性を保護するプロジェクトで使用します。多くの場合 Trace Archive の匿名化された ID と表現型情報が得られた個人の ID とを結びつけるアクセスが制限されたデータベースが存在します。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
Array Data File
生データファイル のリスト。 SDRF の各行に対応するデータファイル名を記載し,データファイルと対応するハイブリダイゼーションやアッセイを結び付けます。
以下のカラムで Array Data File を注釈できます:
データベース: Omics Archive; カテゴリー: SDRF
Array Data Matrix File
複数のハイブリダイゼーションやアッセイからの生データを1つにまとめたマトリックスファイル名のリスト。 データファイルと対応するハイブリダイゼーションやアッセイとの対応付けはデータマトリックスファイル中で行います。
以下のカラムで Array Data Matrix File を注釈できます:
データベース: Omics Archive; カテゴリー: SDRF
Array Design REF
ハイブリダイゼーションで使われたアレイデザイン。 アレイデザインに対する ArrayExpress/DOR のアクセッション番号を記載します (例: "A-DORD-1")。
以下のカラムで Array Design REF を注釈できます: 上記の Term Source REF にはアレイデザインが登録されているデータベース名を記載します。 ArrayExpress/DOR 以外は記載できず,実際の登録処理ではこのカラムは無視されます。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: SDRF
ascii
ASCII 文字による表記。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Run
Assay Name
Assay の名前。"Assay Name" は "Hybridization Name" のかわりに一般的な生物学的アッセイ,シークエンシングや RT-PCR,を記載するために使います。 DOR へのマイクロアレイデータの登録ではこのカラムを使わないでください。全ての Assay Name には Technology Type カラムを付加します。 MAGE-TAB ファイル中で Identifier として使われます。
以下のカラムで Assay Name を注釈できます:
データベース: Omics Archive; カテゴリー: SDRF
@
ASCII コード 64。通常,Quality score の範囲が 0..60 のときに使われます。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Run
ATTEMPT
センターによって試みられたプロジェクトの回数 and/or Trace Archive への登録回数 Type: tinyint(1-255) Example: 2
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
Attributes
サンプル属性のリスト。必須項目に加えて,いくつかの推奨項目があります。BioSample データをより役立つものにするため,手に入る全ての情報を登録してください。登録システムが,一般的に使われている属性を標準化された名称とともに提供します。登録を準備する際は,属性のリストを参照し,該当する項目を入力してください。リストにない情報を持っている場合は Custom Attribute を作成することができます。
データベース: Biosample; カテゴリー: Attributes
Base Call
ベースコール (塩基配列)。属性値でこのリードの意味とマッチングのルールを記述します。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
BASE_FILE
ベースコールが記載されたファイル名 Type: varchar(200) Example: ./mytraces/123clone.fasta trace ファイルがベースコールを含んでいない場合,ベースコールが含まれた別のファイルを登録します。 でファイルを指定します。trace (通常は scf) ファイル中のベースコール情報は のもので上書きされます。 と trace ファイルのベースコールが同じ場合は BASE_FILE を登録しないでください。 の両方を登録する場合は,あわせて peak index 情報を として別ファイルで登録します。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
BASECALL_LENGTH
trace の塩基長 Type: int Example: 396
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Internal Fields List
BASES_20
quality score が 20 を超える塩基数 Type: smallint Example: 50 注意:quality score がない登録がいくつか存在します。これは ABI ファイルだけが登録され, quality call が別ファイルで登録されなかったためです。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Internal Fields List
BASES_40
quality score が 40 を超える塩基数 Type: smallint Example: 50 注意:quality score がない登録がいくつか存在します。これは ABI ファイルだけが登録され, quality call が別ファイルで登録されなかったためです。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Internal Fields List
BASES_60
quality score が 60 を超える塩基数 Type: smallint Example: 50 注意:quality score がない登録がいくつか存在します。これは ABI ファイルだけが登録され, quality call が別ファイルで登録されなかったためです。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Internal Fields List
bin
長さの bin。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
Biomaterial provider
実験材料の提供元を記入します (例: ATCC ID,Principal Investigator,研究室名)。
データベース: BioProject; カテゴリー: General info
Umbrella BioProject accession
登録されているアンブレラプロジェクトのアクセッション番号。
データベース: BioProject; カテゴリー: General info
BioProject ID
BioProject に登録済みのプロジェクトから該当するものを1つ選択するか,新規に BioProject を登録します。BioProject の登録方法は BioProject Handbook を参照してください。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: BioProject
BioSample ID
BioSample に登録済みのサンプルから該当するものを選択するか,新たにサンプルを登録します。BioSample の登録方法は BioSample Handbook を参照してください。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: BioSample
BioSample Used
Experiment が参照している BioSample を選択します。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
Biotic Relationship
選択肢から BioticRelationship を選びます。
BioticRelationship
FreeLiving
Commensal
Symbiont
Episymbiont
Intracellular
Parasite
Host
Endosymbiont
データベース: BioProject; カテゴリー: Target
Capture
サンプル材料から得ようとしている情報のスケールや種類。 
CaptureDescription
Wholeサンプル全体を使っている (通常のケース)
Clone Endsクローンエンドデータを使用
Exomeエクソンのデータを使用
Targeted Locus/Loci特定の遺伝子座 (遺伝子,ゲノム領域,バーコード領域) のデータ
Random Surveyサンプルをラフにサーベイしたデータ
Other"Target description" に Capture を記入します。
データベース: BioProject; カテゴリー: Project type
Cellularity
選択肢から Cellularity を選びます。
Cellularity
Unicellular
Multicellular
Colonial
データベース: BioProject; カテゴリー: Target
Center Name

登録者が所属する組織の Center Name。Center Name リスト。DDBJ/EBI/NCBI SRA にデータを登録する際にはこの Center Name が必要です。

メタデータ作成ツールはアカウント情報から Center Name を自動的に取得します。

Center Name は登録の所有権を示すものではなく,SRA が運用上使用している略称です。所有権は Submitter に記載される登録者にあります。

データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Submission
Center Name
Experiment の内容について責任を負う Center Name。Center Name リスト。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
Center Name
Run の内容について責任を負う Center Name。Center Name リスト。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Run
Center Name
Analysis の内容について責任を負う Center Name。Center Name リスト。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Analysis
CENTER_NAME
センター名の略称 Type: varchar(50) Example: WUGSC DDBJ Trace Archive にデータを登録する前にセンター名の略称を登録します。この略称は で使われます。登録されている の一覧: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/trace.cgi?view=submitting_centers

Sequence Read Archive の center name とは別になります。

データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
CENTER_PROJECT
センター独自のプロジェクト名 Type: varchar(100) Example: HBBB はシークエンスセンター内部で使用するプロジェクト名です。この項目は関連する trace をまとめるのに役立ちます。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
Characteristics[]
記入できる語句や測定単位は制限されています。Source NameSample NameExtract NameLabeled Extract Name に続く注釈カラム (Attribute column)。 カラムヘッダーの [<category term>] にカテゴリーを記入します。 例えば,"Characteristics[OrganismPart]" には OrganismPart を記入します。 Category term にはユーザが定義する語句 (デフォルト),Term Source REF で定義された外部のオントロジーに由来する語句,もしくは,Unit[] によって示された測定単位を記入することができます。
以下のカラムで Characteristics[<category term>] を注釈できます:
データベース: Omics Archive; カテゴリー: SDRF
CHEMISTRY
シークエンス反応で使われたケミストリー Type: varchar(50) Example: BIGDYEV3.0
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
CHEMISTRY_TYPE
シークエンス反応で使われたケミストリーの種類 Type: char(50) Example: P で使用可能な語句:
Primer
Terminator
p=primer
t=terminator
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
CHROMOSOME
trace が由来する染色体 Type: varchar(8) Example: 11 は trace が由来する染色体を示します。遺伝子名や cytogenetic position は染色体情報としては適していません。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
CLIP_QUALITY_LEFT
信頼性評価に基づくリードの左クリップ位置 (塩基対数) Type: int Example: 56 は信頼性が低いためクリップされるべきリードの始まりの部分です。ベースコールの信頼性が高い領域をその最初の塩基位置で示します。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
CLIP_QUALITY_RIGHT
信頼性評価に基づくリードの右クリップ位置 (塩基対数) Type: int Example: 256 は信頼性が低いためクリップされるべきリードの終わりの部分です。ベースコールの信頼性が高い領域をその最後の塩基位置で示します。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
CLIP_VECTOR_LEFT
ベクター配列に基づくリードの左クリップ位置 (塩基対数) Type: int Example: 75 はベクター配列に基づきクリップされるべきリードの始まりの部分です。非ベクター配列の最初の塩基の位置で示します。この項目はほとんど全ての の組み合わせで必須です。
この情報は が記載されている場合,もしくは,=PCR orRT-PCR の場合には省略できます。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
CLIP_VECTOR_RIGHT
ベクター配列に基づくリードの右クリップ位置 (塩基対数) Type: int Example: 275 はベクター配列に基づきクリップされるべきリードの終わりの部分です。非ベクター配列の最後の塩基の位置で示します。この項目はほとんど全ての の組み合わせで必須です。
この情報は が記載されている場合,もしくは,=PCR or RT-PCR の場合には省略できます。
注意: 多くのセンターではベクター配列解析と信頼性評価を一緒に行っており,1セットのクリップ情報しかない場合があります。この場合は に値を記入します。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
CLONE_ID
trace が由来するクローン名 Type: varchar(30) Example: RP23-1123F10 は個々の BAC,PAC や cDNA クローンの ID です。クローンが Clone Registry (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clone/) に登録されている場合はstandard clone registry nomenclature (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clone/content/overview/)に従って記載します。
次の の組み合わせで必須です:
=cDNA;=Any
=EST;=Any
=CLONEEND;=CLONEEND
=CLONE;=Any
=ENCODE;=SHOTGUN;PrimerWalk; CLONEEND
=FINISHING;=Any
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
CLONE_ID_LIST
セミコロンで区切られたクローンのリスト (Strategy が PoolClone の場合) Type: varchar(30) Example: RP23-200A2;RP23-500P1 =PoolClone の場合にのみ必須です。この場合はセミコロンで区切ったクローンのリストを記載します。クローンが Clone Registry (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clone/) に登録されている場合は standard cloneregistry nomenclature (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clone/content/overview/) に従って記載します。
注意:リストに含まれるクローン数に制限はありませんが,個々のクローンのサイズは 30 バイトに制限されています。
次の の組み合わせで必須です:
=PoolClone;=Any
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
COLLECTION_DATE
環境サンプルが採取された日時 (例 Mar 2 2006 12:00AM) Type: datetime Example: Mar 2 2006 12:00AM は環境サンプルが採取された日時を示します。
次の の組み合わせで必須です:
=Env Sample-Geo; =Any=Env Sample-Host; =Any
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
Color Matrix
コード番号 (Value) と 2 塩基の組み合わせ (Dibase) との対応表。
ValueDibaseValueDibase
0AA2AG
0CC2GA
0TT2CT
0GG2TC
1AC3AT
1CA3TA
1GT3GT
1TG3TG
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
Color Matrix Code
2 塩基の組み合わせを表すコード番号。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
Comment[]
今までに列挙されたカラムを注釈するために使います。 このカラムは MAGE-TAB に拡張性を付与するために存在しますが,意味のある生物学的な情報を記載するために使うことはできません。 値のタイプを [] に記入します。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: SDRF
Comment[]
ユーザが独自に定義するフィールド。例えば "Comment [Goal]" を作成し,研究の目的を記入します。
*DOR は以下に示す独自の Comment カラムを使用しています。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Comment[BioProject ID]
登録データが属する BioProject の ID。BioProject ID は異なるデータベースに登録されたデータをグループ化するのに利用されます。詳細は DDBJ BioProject ウェブサイト をご覧ください。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Comment[Center Name]
リンクしている DRA 登録の Center name。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Comment[DRA accession]
DOR 登録データの元となる生シークエンシングデータに対する DRA のアクセッション番号。この番号により,DOR データと DRA に登録された生データがリンクされます。生データと解析されたデータがセットで DOR に投稿された場合,DOR が DRA に生データを登録し,DRA アクセッション番号を自動で入力します。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Comment[Laboratory Name]
リンクしている DRA 登録の Laboratory name。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Consortium name
研究がコンソーシアムの一環として行われた場合,そのコンソーシアム名を記入します。
データベース: BioProject; カテゴリー: General info
Consortium URL
コンソーシアムのウェブサイトがある場合そのサイトの URL を記入します。
データベース: BioProject; カテゴリー: General info
Contact Person
登録者情報。登録に関する連絡はここに記載された E-mail アドレス宛てに行われます。必要な人数分作成します。連絡先情報は DDBJ スタッフが登録者に連絡するために使われ,一般に公開されることはありません。連絡先情報のかわりに研究者の所属する組織に関する情報が公開されます。
データベース: Biosample; カテゴリー: Submitter
CVECTOR_ACCESSION
クローニングベクター配列の DDBJ/EMBL/GenBank アクセッション番号 Type: varchar(50) Example: AY451994 は使用されたクローニングベクターのアクセッション番号です。この番号は に記入されたベクターに対応します。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
CVECTOR_CODE
センターがクローニングベクターに付けたコード Type: varchar(50) Example: PBACE3.6 には登録者がクローニングベクターに付けたコードを記入します。使われた全てのクローニングベクターの配列は DDBJ/EMBL/GenBank に登録することが推奨されます。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
Data provider
本来の登録者ではなくシークエンスセンターなどがプロジェクトを代理登録した場合,データ提供者 (本来の登録者) を記入します。
データベース: BioProject; カテゴリー: General info
Data provider
本来の登録者ではなくシークエンスセンターなどがサンプルを代理登録した場合,データ提供者 (本来の登録者) を記入します。 例: シークエンシングセンターや DACC。
データベース: Biosample; カテゴリー: General info
Data provider URL
Data provider へのリンクを記載する場合,provider の URL を記入します。
データベース: BioProject; カテゴリー: General info
Data provider URL
Data provider へのリンクを記載する場合,provider の URL を記入します。
データベース: Biosample; カテゴリー: General info
Data Release
サンプルをいつ公開するのか指定します。
Data releaseDescription
Release登録したサンプルは査定された後,公開されます。
Holdこの BioSample ID を引用している DDBJ,DRA,DTA,DOR レコードが公開されると同時に公開されます。この BioSample ID を引用している非公開の DDBJ レコードが公開されることはありません。
データベース: Biosample; カテゴリー: General info
Date
Protocol REF に続く注釈カラム。 プロトコールが実施された日付 (と時間) を YYYY-MM-DDThh:mm:ssZ 形式で記載します (例: 2008-09-12T16:27:27Z)。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: SDRF
Date of Experiment
実験が行われた日付。日付は "YYYY-MM-DD" 形式で記入します (例: 2011-01-01)。このフィールドは1つの値しか持てません。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
decimal
Quality score の 10 進数による表記。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Run
DEPTH
環境サンプルが採取された深度 (メーター) Type: float Example: 10M は水圏や土壌から採取された環境サンプルで記載できます。この値が NULL のときはサンプルが環境の表面から採取されたものとみなされます。この項目は環境サンプルにのみ記載可能ですが必須ではありません。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
Derived Array Data File
解析処理されたデータファイルのリスト。 SDRF の各行に対応するデータファイル名を記載し,データファイルと対応するハイブリダイゼーションやアッセイを結び付けます。
以下のカラムで Derived Array Data File を注釈できます:
データベース: Omics Archive; カテゴリー: SDRF
Derived Array Data Matrix File
複数のハイブリダイゼーションやアッセイからの解析処理されたデータを1つにまとめたマトリックスファイル名のリスト。 データと対応するハイブリダイゼーションやアッセイ (もしくはスキャン,正規化) との対応付けはデータマトリックスファイル中で行います。
以下のカラムで Derived Array Data Matrix File を注釈できます:
データベース: Omics Archive; カテゴリー: SDRF
Description
Analysis の内容を記述します。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Analysis
Description
Source NameSample NameExtract Name もしくは Labeled Extract Name に続く注釈カラム。 フリーテキストで Material を記述します。できるだけ Characteristics[] を使用し,コントロールされた語句で Material を記載してください。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: SDRF
Description
Label に対する簡潔な補足情報。
データベース: BioProject; カテゴリー: Target
Description
レプリコンの通常とは異なる特徴。
データベース: BioProject; カテゴリー: Target
Description of novel organism
Taxonomy データベース への生物登録を申請するための情報を記入します。
データベース: BioProject; カテゴリー: Target
Disease
病気の名前を記入します。
データベース: BioProject; カテゴリー: Target
DOI
PubMed ID がない場合は DOI を記入し,さらに文献に関する以下の情報を記入します。
<Publication id="10.1093/nar/gku1120">
	<DbType>eDOI</DbType>
</Publication>
<ProjectReleaseDate> ...
データベース: BioProject; カテゴリー: Publication
DOI
PubMed ID がない場合は DOI を入力してください。文献に関する以下の詳細情報を提供してください。
データベース: Biosample; カテゴリー: Publications
E-mail
登録者の電子メールアドレス。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Submission
E-mail
E-mail アドレス。所属する組織ドメインのメールアドレスを指定してください。
データベース: BioProject; カテゴリー: Submitter
E-mail
E-mail アドレス。所属する組織ドメインのメールアドレスを指定してください。
データベース: Biosample; カテゴリー: Submitter
ELEVATION
環境サンプルが採取された高度 (メーター) Type: float Example: 500 この値が NULL のときはサンプルは海水位で取得されたものとみなされます。この項目はいくつかの環境サンプルでのみ記載可能ですが必須ではありません。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
end
マッチとミスマッチの両方が後ろからカウントされます。ミスマッチの数が Max Mismatch を超えた場合 - マッチではない。マッチした数が Min Match に達した場合 - マッチとみなされる。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
Endospores
対象生物が Endospores を形成するかどうかを選択します。
Endospores
Yes
No
データベース: BioProject; カテゴリー: Target
Enveloped
対象生物の Envelope の有無を選択します。
Enveloped
Yes
No
データベース: BioProject; カテゴリー: Target
ENVIRONMENT_TYPE
環境サンプルが採取された環境の種類 Type: varchar(250) Example: sea water では環境サンプルが取得された環境の種類を記載します。で地理上の位置を示せますが,ある位置には多くの環境が存在し得ます (土壌,泥,木の根など)。
次の の組み合わせで必須です:
=PoolClone;=Any
=Env Sample-Geo; =Any
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
Environmental package (MIxS Sample)
以下のパッケージから適切なものを選びます。パッケージ毎に必要とされる属性が追加されます。
"Environmental/Metagenome Genomic Sequences" と "Survey related Marker Sequences" のときは No package を選択できません。
No package
air
host-associated
human-associated
human-gut
human-oral
human-skin
human-vaginal
microbial mat/biofilm
miscellaneous or artificial
plant-associated
sediment
soil
wastewater/sludge
water
データベース: Biosample; カテゴリー: Sample type
Environmental sample description
サンプルの詳細を記載します。
データベース: BioProject; カテゴリー: Target
Environmental sample name
メタゲノムや環境サンプルなどの生物名を特定できないサンプルについてはこちらのリストから該当するものを選択します。該当するものがない場合は,登録を希望する名前を記載し,サンプルの詳細をEnvironmental sample description に記載します。
データベース: BioProject; カテゴリー: Target
!
ASCII コード 33。通常,Quality score の範囲が 0..63 のときに使われます。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Run
Experiment Description
実験をフリーテキストで記述します。このフィールドは1つの値しか持てません。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Experiment Referenced
Run が属する Experiment を選択します。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Run
Experimental Design
実験のデザイン。MGED Ontology の ExperimentDesignType subclasses.BiologicalProperty terms 中の語句を記入します。記入できる語句は制限されています。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Experimental Design Term Accession Number
Experimental Design に記入した語句のアクセッション番号。Term Source Name に記載されたデータベース名を記入します。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Experimental Design Term Source REF
Experimental Design に記入した語句の由来元。Term Source Name に記載されたオントロジー名を記入します。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Experimental Factor Name
実験の Experimental factor の名前。Experimental factor は実験の変数 (growth condition, genotype, organism part, disease state など) です。Factor の値は SDRF の "Factor Value []" カラムに記入します。MAGE-TAB ファイル中で Identifier として使われます。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Experimental Factor Term Accession Number
Experimental Factor Type に記入された語句のアクセッション番号。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Experimental Factor Term Source REF
Experimental Factor Type に記入された語句の由来元。Term Source Name に記載されたオントロジー名を記入します。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Experimental Factor Type
Experimental factor の種類。MGED Ontology の ExperimentalFactorCategory subclasses.BioMaterialCharacteristicCategory terms 中の語句を記入します。記入できる語句は制限されています。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
EXTENDED_DATA
EXTENDED_DATA block 中の <field> タグのなかに記載された任意の追加情報 Type: varchar() Example:
<extended_data>
    <field name='SamplingSiteMonthChlorophyllLevel'>1.4 mg_mm</field>
    <field name='SamplingSiteYearlyChlorophyllLevel'>1.12 mg_mm</field>
    <field name='SamplingSiteYearlyChlorophyllLevelStdError'>0.19 mg_mm</field>
</extended_data>
'=' と区切り文字の '|' は name とその値には使用できません。これらの記号の混入以外はチェックされません。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
External Links
サンプルに直接関連するリソースの URL とそれに付けるラベル (表示名)。
データベース: Biosample; カテゴリー: General info
Extract Name
Extract の名前。 MAGE-TAB ファイル中で Identifier として使われます。
以下のカラムで Extract Name を注釈できます:
データベース: Omics Archive; カテゴリー: SDRF
Factor Value[]
記入できる語句は制限されています。SDRF の各行に対応する Experimental factor (実験の変数)。カラムの先頭で IDF で定義された Experimental Factor Name を記載します。
以下の IDF の場合: 以下に IDF で "Mouse Anatomy" の Term source を定義した場合の使用例を示します。
Factor Value[Tissue] Term Source REF
brainMouse Anatomy
kidneyMouse Anatomy
liverMouse Anatomy
intestineMouse Anatomy
pancreasMouse Anatomy
このカラムの内容はユーザが定義する語句 (デフォルト),Term Source REF で示された外部のオントロジーに由来する語句,もしくは,Unit[] によって示された測定単位を記入することができます。 上記例でカラムの内容は organism part を記載しているものとして取り扱われます。 さらに詳細な情報を追加するときは "Factor Value [] ()" 形式を使います。例: "Factor Value [growth condition] (Nutrients)"。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: SDRF
FEATURE_ID_FILE
チップ上の feature とその位置を記載したファイル Type: varchar(200) Example: ./mytraces/chip2.cdf ="CHIP"のとき でチップ上の feature の位置と配列を記載したファイルを指定します。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
FEATURE_ID_FILE_NAME
共通の FEATURE_ID_FILE (先に登録します) へのリファレンス Type: varchar(200) Example: この項目は ="CHIP" のときに必須です。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
FEATURE_SIGNAL_FILE
チップ上の feature のシグナルと分散が記載されたファイル Type: varchar(200) Example: ./mytraces/chip2.signal ="CHIP"のときにチップ上の feature のシグナルと分散が記載されたファイルを で指定します。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
FEATURE_SIGNAL_FILE_NAME
共通の FEATURE_SIGNAL_FILE (先に登録します) へのリファレンス Type: varchar(200) Example: この項目は ="CHIP" のときに必須です。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
File Name
シークエンスデータファイル名。DRA サーバにアップロードされているファイル名が自動的に入力されます。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Run
File Name
解析データのファイル名。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Analysis
File Type
シークエンスデータのファイル形式。リード長が一定ではない fastq ファイルの場合は "generic_fastq",一定の場合は "fastq" を選択します。
File Type Description
generic_fastq fastq files with variable read length
fastq fastq files with constant read length
sff 454 Standard Flowgram Format file
hdf5 PacBio hdf5 Format file
bam Binary SAM format for use by loaders that combine alignment and sequencing data
tab A tab-delimited table maps "SN in SQ line of BAM header" and "reference fasta file"
reference_fasta Reference sequence file in single fasta format used to construct SRA archive file format. Filename must end with ".fa"
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Run
File Type
解析データのファイル形式。
File Type Description
bam Binary form of the Sequence alignment/map format for read placements, from the SAM tools project.
See http://sourceforge.net/projects/samtools/.
tab A tab delimited text file that can be viewed as a spreadsheet. The first line should contain column headers..
ace Multiple alignment file output from the phred assembler and similar programs.
See http://www.phrap.org/consed/distributions/README.16.0.txt for a description of the ACE file format..
fasta Sequence data format indicating sequence base calls.The format is simple: a header line initiated with the > character, data lines following with base calls..
wig The wiggle (WIG) format allows display of continuous-valued data in track format.This display type is useful for GC percent, probability scores, and transcriptome data.
See http://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/wiggle.html for a description of the Wiggle Track format..
bed BED format provides a flexible way to define the data lines that are displayed in an annotation track.
See http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat#format1 for a description of the BED format..
vcf Variant Call Format.
See http://www.1000genomes.org/wiki/analysis/variant%20call%20format/vcf-variant-call-format-version-41 for a description of the VCF format.
maf Mutation Annotation Format
gff General Feature Format
csv
tsv
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Analysis
First name
登録者の first name。
データベース: BioProject; カテゴリー: Submitter
First name
著者の first name。
データベース: BioProject; カテゴリー: Publication
First name
登録者の first name。
データベース: Biosample; カテゴリー: Submitter
First name
データベース: Biosample; カテゴリー: Publications
Flow Sequence
プレートに順次フローされる塩基の繰り返し単位を配列で記入します。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
Flow Sequence
プレートに順次フローされる塩基の繰り返し単位を記入します。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
Follows Read Index
前のリードの Read Index。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
full
Max Mismatch だけがマッチングに影響します。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
GENE_NAME
遺伝子名や遺伝子の ID Type: varchar(100) Example: transporter 1 フリーテキスト。主に ='Re-sequencing' or'ENCODE' のときに使われます。研究対象の遺伝子を遺伝子名や何らかの ID で参照します。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
Other samples (e.g. transcriptome, epigenetics etc)
transcriptome, epigenetics など,どのようなサンプルタイプにも使用することができます。一般的な属性と登録者が作成するカスタム属性で記述されます。
データベース: Biosample; カテゴリー: Sample type
Genomic Sequences Sample (MIGS)
Cultured Bacterial/Archaeal Genomic Sequences
Eukaryotic Genomic Sequences
Viral Genomic Sequences

特定宿主から確実に回収できる内部共生生物、多くの cyanobacteria のように容易に同定可能であるが培養ができない生物、純粋培養は不可能でも罹患植物から確実に回収できる phytoplasmas といった対象は環境サンプルとは扱いません。"Cultured Bacterial/Archaeal", "Eukaryotic", "Viral" のいずれかを選択します

データベース: Biosample; カテゴリー: Sample type
Gram
選択肢からグラム陽性か陰性から選びます。
Gram
Positive
Negative
データベース: BioProject; カテゴリー: Target
Grant ID
研究費の番号 (関連文献で引用される研究費番号)。研究費番号での検索をサポートします。例: JSPS KAKENHI Grant Number 12345678
データベース: BioProject; カテゴリー: General info
Grant title
研究費のタイトル。研究費のタイトルでの検索をサポートします。
データベース: BioProject; カテゴリー: General info
Habitat
選択肢から Habitat を選択します。
Habitat
HostAssociated
Aquatic
Terrestrial
Specialized
Multiple
Unknown
データベース: BioProject; カテゴリー: Target
Haploid genome size
Kb,Mb や cM で表したハプロイドゲノムのサイズ。
データベース: BioProject; カテゴリー: Target
hexadecimal
Quality score の 16 進数による表記。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Run
HI_FILTER_SIZE
環境サンプルを分取したフィルターで一番大きいサイズ Type: varchar(50) Example: 50 micron は環境サンプルでのみ記載可能ですが必須ではありません。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
Hold
この BioProject ID を引用している DDBJ,DRA,DTA,DOR レコードが公開されたときに同時に公開されます。
データベース: BioProject; カテゴリー: Submitter
Hold
この BioSample ID を引用している DDBJ,DRA,DTA レコードが公開されると同時に公開されます。この BioSample ID を引用している非公開の DDBJ レコードが公開されることはありません。
データベース: Biosample; カテゴリー: Submitter
Hold Until
公開予定日を設定します。最長で2年後まで設定でき,延長することができます。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Submission
HOST_CONDITION
環境サンプルが採取されたホストの状態 Type: varchar(100) Example: HIV-positive は環境サンプルでのみ記載可能でホストのコンディション (healthy, sick など) を記載します。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
HOST_ID
環境サンプルが取得されたホストに付けられた固有の ID Type: varchar(100) Example: yerkes pedigree #C0479 'Clint' は環境サンプルでのみ記載可能でホストを特定するのに利用されます。
次の の組み合わせで必須です:
=Env Sample-Host; =Any
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
HOST_LOCATION
環境サンプルが採取されたホスト上の特定の場所 Type: varchar(100) Example: rumen には環境サンプルが採取されたホスト上の特定の場所,例えば dental plaque,hindgut,root surfaces を記載します。
次の の組み合わせで必須です:
=Env Sample-Host; =Any
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
HOST_SPECIES
環境サンプルが採取されたホスト Type: varchar(100) Example: Pan troglodytes は環境サンプルでのみ記載可能です。
次の の組み合わせで必須です:
=Env Sample-Host; =Any
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
Hybridization Name
Hybridization の名前。 MAGE-TAB ファイル中で Identifier として使われます。
以下のカラムで Hybridization Name を注釈できます:
データベース: Omics Archive; カテゴリー: SDRF
Image File
画像ファイル名のリスト (任意)。SDRF の各行に対応するファイル名を記載し,画像データファイルと対応するハイブリダイゼーションやアッセイをリンクします。DOR は画像データを保存していません。登録者のサーバに保存された画像ファイルへのリンクを記載することができます。
以下のカラムで Image File を注釈できます:
データベース: Omics Archive; カテゴリー: SDRF
Immediate Release
即日公開。登録作業が終わり次第,データが公開されます。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Submission
INDIVIDUAL_ID
trace が由来する個人やサンプルの ID Type: varchar(100) Example: NA12345 は trace と個人とを結び付けるセンター独自の ID です。この項目は主に population を対象とした研究で使用します。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
Initiative description
アンブレラプロジェクトについての記述。
データベース: BioProject; カテゴリー: General info
INSERT_FLANK_LEFT
クローニング部位の左に隣接する塩基配列 Type: varchar(100) Example: AAGGTGCGATGCAGTGGCAGTAGCAGTGTCGACGTGACGATTCGTCCGGA ではクローニング部位の左に隣接するリンカーを含む塩基配列 (50-100 塩基) を記入します。この情報によりユーザは独自にベクターをトリミングすることができます。この項目はほとんど全ての で必須です。この項目は がある場合には省略できますが, への記入を推奨しています。クローニングステップがない場合は 'NONE' と記入します。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
INSERT_FLANK_RIGHT
クローニング部位の右に隣接する塩基配列 Type: varchar(100) Example: AAGGCGCGATGCAGTGAGCGAGGCTGACGTCGGCTAGCGTCGCGTCGGGT ではクローニング部位の右に隣接するリンカーを含む塩基配列 (50-100 塩基) を記入します。この情報によりユーザは独自にベクターをトリミングすることができます。この項目はほとんど全ての で必須です。この項目は がある場合には省略できますが, への記入を推奨しています。クローニングステップがない場合は 'NONE' と記入します。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
INSERT_SIZE
インサートの平均塩基配列長 (TEMPLATE_ID の値で参照されます) Type: int Example: 2000 は配列決定されるクローンの期待されるインサート長を示します。あるライブラリーに対して見積もられたインサートの平均長に基づいて記入します。この情報は全ゲノムアセンブリなどの実験にとって重要です。
次の の組み合わせで必須です:
=Any;=WGS
=Any;
=WCS
=cDNA;=CLONEEND
=CLONEEND;=CLONEEND
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
INSERT_STDEV
INSERT_SIZE の標準偏差 Type: int Example: 200 はインサート長の標準偏差です。この値は概算値です。
次の の組み合わせで必須です:
=Any;=WGS
=Any;
=WCS
=cDNA;=CLONEEND
=CLONEEND;=CLONEEND
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
Instrument
シークエンサの機種を選択します。
Instrument Model
454 GS
454 GS 20
454 GS FLX
454 GS FLX+
454 GS FLX Titanium
454 GS Junior
Illumina Genome Analyzer
Illumina Genome Analyzer II
Illumina Genome Analyzer IIx
Illumina HiSeq 1000
Illumina HiSeq 1500
Illumina HiSeq 2000
Illumina HiSeq 2500
Illumina HiSeq 3000
Illumina HiSeq 4000
Illumina MiSeq
Illumina MiniSeq
Illumina HiScanSQ
HiSeq X Five
HiSeq X Ten
NextSeq 500
NextSeq 550
Helicos HeliScope
AB SOLiD System
AB SOLiD System 2.0
AB SOLiD System 3.0
AB SOLiD 3 Plus System
AB SOLiD 4 System
AB SOLiD 4hq System
AB SOLiD PI System
AB 5500 Genetic Analyzer
AB 5500xl Genetic Analyzer
AB 5500xl-W Genetic Analysis System
Complete Genomics
MinION
GridION
PromethION
PacBio RS
PacBio RS II
Sequel
Ion Torrent PGM
Ion Torrent Proton
Ion Torrent S5
Ion Torrent S5 XL
AB 310 Genetic Analyzer
AB 3130 Genetic Analyzer
AB 3130xL Genetic Analyzer
AB 3500 Genetic Analyzer
AB 3500xL Genetic Analyzer
AB 3730 Genetic Analyzer
AB 3730xL Genetic Analyzer
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
Instrument Name
使用したシークエンサにセンターが付けた名前や ID。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Run
Investigation Title
研究全体に付けるタイトル。このフィールドは1つの値しか持てません。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Isolate name or label
単離されたサンプルのラベル名,もしくは個々の動物の名前 (例: Clint)。この情報,もしくは "Strain, breed, cultivar" を提供してください。
データベース: BioProject; カテゴリー: Target
Issue
雑誌の号。
データベース: BioProject; カテゴリー: Publication
Issue
データベース: Biosample; カテゴリー: Publications
Journal title
雑誌のタイトル。
データベース: BioProject; カテゴリー: Publication
Journal title
データベース: Biosample; カテゴリー: Publications
Key Sequence
シークエンシングプライマーのすぐ下流にある既知の 4 塩基配列。各ウェルで読み取られる最初の塩基になります。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
ktile
k-tile。k は k 番目の bin。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
Lab Name
登録者が所属する研究室やグループ名。アカウントに登録されている "Lab/Group","Department (2)","Department (1)","Organization" がカンマで連結されたテキストが初期表示されます。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Submission
Label
記入できる語句は制限されています。 Labeled Extract Name に続く注釈カラムとして使えます。Labeled Extract を作成するため Extract に結合された標識化合物名。 MGED オントロジーの LabelCompound を使います。 例: Cy3,Cy5,biotin,alexa_546。
以下のカラムで Label を注釈できます: Term Source REF カラムは Label が由来する IDF で定義されたオントロジーを参照します。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: SDRF
Labeled Extract Name
Labeled Extract の名前。ラベル名を含めることを推奨します。 MAGE-TAB ファイル中で Identifier として使われます。
以下のカラムで Labeled Extract Name を注釈できます:
データベース: Omics Archive; カテゴリー: SDRF
Last name
登録者の last name。
データベース: BioProject; カテゴリー: Submitter
Last name
著者の last name。
データベース: BioProject; カテゴリー: Publication
Last name
登録者の last name。
データベース: Biosample; カテゴリー: Submitter
Last name
データベース: Biosample; カテゴリー: Publications
LATITUDE
サンプル採取地点の緯度 (standard GPS notation に基づく) Type: float Example: 54.736 環境サンプルの取得地点の緯度。緯度の範囲は [-90,90] で,赤道を 0 とし,赤道より北を正の値で,南を負の値で表します。
次の の組み合わせで必須です:
=Env Sample-Geo;=Any
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
Library Construction Protocol

DNA の断片化 (DNA fragmentation)、アダプター配列などのライゲーション (DNA ligation) や濃縮 (DNA enrichment) 方法をフリーテキストで記載します。キットを使用した場合はキットの名前とバージョン (あれば) を含めます (例 Illumina Nextera DNA Library Preparation Kit)。

参考: Alnasir J, Shanahan HP. Investigation into the annotation of protocol sequencing steps in the sequence read archive. Gigascience. 2015 May 9;4:23. doi: 10.1186/s13742-015-0064-7. eCollection 2015. PMID: 25960871 (Open Access)

データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
Library Name
ライブラリーの名前。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
Library Selection
シークエンスに用いたライブラリを構築するためのサンプルの選別や濃縮方法。
Library Selection Description
RANDOM Random shearing only.
PCR Source material was selected by designed primers.
RANDOM PCR Source material was selected by randomly generated primers.
RT-PCR Source material was selected by reverse transcription PCR.
HMPR Hypo-methylated partial restriction digest.
MF Methyl Filtrated.
repeat fractionation Selection for less repetitive (and more gene rich) sequence through Cot filtration (CF) or other fractionation techniques based on DNA kinetics.
size fractionation Physical selection of size appropriate targets.
MSLL Methylation Spanning Linking Library.
cDNA complementary DNA.
cDNA_randomPriming
cDNA_oligo_dT
PolyA PolyA selection or enrichment for messenger RNA (mRNA); should replace cDNA enumeration.
Oligo-dT enrichment of messenger RNA (mRNA) by hybridization to Oligo-dT.
Inverse rRNA depletion of ribosomal RNA by oligo hybridization.
ChIP Chromatin immunoprecipitation.
MNase Micrococcal Nuclease (MNase) digestion.
DNAse Deoxyribonuclease (DNase) digestion.
Hybrid Selection Selection by hybridization in array or solution.
Reduced Representation Reproducible genomic subsets, often generated by restriction fragment size selection, containing a manageable number of loci to facilitate re-sampling.
Restriction Digest DNA fractionation using restriction enzymes.
5-methylcytidine antibody Selection of methylated DNA fragments using an antibody raised against 5-methylcytosine or 5-methylcytidine (m5C)MBD2 protein methyl-CpG binding domain : Enrichment by methyl-CpG binding domain.
MBD2 protein methyl-CpG binding domain MBD2 protein methyl-CpG binding domain.
CAGE Cap-analysis gene expression.
RACE Rapid Amplification of cDNA Ends.
MDA multiple displacement amplification.
padlock probes capture method Padlock Probes capture strategy to be used in conjuction with Bisulfite-Seq.
other Other library enrichment, screening, or selection process.
unspecified Library enrichment, screening, or selection is not specified.
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
Library Source
ライブラリー構築に用いた試料。
Library Source Description
GENOMIC Genomic DNA (includes PCR products from genomic DNA).
TRANSCRIPTOMIC Transcription products or non genomic DNA (EST, cDNA, RT-PCR, screened libraries).
METAGENOMIC Mixed material from metagenome.
METATRANSCRIPTOMIC Transcription products from community targets.
SYNTHETIC Synthetic DNA.
VIRAL RNA Viral RNA.
OTHER Other, unspecified, or unknown library source material.
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
Library Strategy
ライブラリーの構築手法。
Library Strategy Description
WGS Whole genome shotgun.
WGA Whole genome amplification.
WXS Random sequencing of exonic regions selected from the genome.
RNA-Seq Random sequencing of whole transcriptome.
miRNA-Seq Micro RNA and other small non-coding RNA sequencing.
ncRNA-Seq Capture of other non-coding RNA types, including post-translation modification types such as snRNA (small nuclear RNA) or snoRNA (small nucleolar RNA), or expression regulation types such as siRNA (small interfering RNA) or piRNA/piwi/RNA (piwi-interacting RNA).
ssRNA-seq strand-specific RNA sequencing
WCS Whole chromosome (or other replicon) shotgun.
CLONE Genomic clone based (hierarchical) sequencing.
POOLCLONE Shotgun of pooled clones (usually BACs and Fosmids).
AMPLICON Sequencing of overlapping or distinct PCR or RT-PCR products.
CLONEEND Clone end (5', 3', or both) sequencing.
FINISHING Sequencing intended to finish (close) gaps in existing coverage.
RAD-Seq Restriction Site Associated DNA Sequence
ChIP-Seq Direct sequencing of chromatin immunoprecipitates.
MNase-Seq Direct sequencing following MNase digestion.
DNase-Hypersensitivity Sequencing of hypersensitive sites, or segments of open chromatin that are more readily cleaved by DNaseI.
Bisulfite-Seq Sequencing following treatment of DNA with bisulfite to convert cytosine residues to uracil depending on methylation status.
EST Single pass sequencing of cDNA templates.
FL-cDNA Full-length sequencing of cDNA templates.
CTS Concatenated Tag Sequencing.
MRE-Seq Methylation-Sensitive Restriction Enzyme Sequencing strategy.
MeDIP-Seq Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing strategy.
MBD-Seq Direct sequencing of methylated fractions sequencing strategy.
Tn-Seq Gene fitness determination through transposon seeding.
FAIRE-seq Formaldehyde Assisted Isolation of Regulatory Elements
SELEX Systematic Evolution of Ligands by EXponential enrichment
RIP-Seq Direct sequencing of RNA immunoprecipitates (includes CLIP-Seq, HITS-CLIP and PAR-CLIP).
ChIA-PET Direct sequencing of proximity-ligated chromatin immunoprecipitates.
Hi-C Chromosome Conformation Capture technique where a biotin-labeled nucleotide is incorporated at the ligation junction, enabling selective purification of chimeric DNA ligation junctions followed by deep sequencing
ATAC-seq Assay for Transposase-Accessible Chromatin (ATAC) strategy is used to study genome-wide chromatin accessibility. alternative method to DNase-seq that uses an engineered Tn5 transposase to cleave DNA and to integrate primer DNA sequences into the cleaved genomic DNA
Targeted-Capture
Tethered Chromatin Conformation Capture
Synthetic-Long-Read binning and barcoding of large DNA fragments to facilitate assembly of the fragment
Other Library strategy not listed.
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
LIBRARY_ID
CLONE_ID に記載されたクローンのソースライブラリー Type: varchar(100) Example: RP23 にはクローンのソースライブラリーを記載します。多くのゲノムライブラリーはClone Registry (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clone)に既に登録されており,これらのライブラリーについてはstandard nomenclature (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clone/content/overview/)に従った名称を使用します。
次の の組み合わせで必須です:
=cDNA;=Any
=EST;=Any
=CLONEEND;=CLONEEND
=CLONE;=Any
=ENCODE;=SHOTGUN;PrimerWalk; CLONEEND
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
Link 3'
ギャップの 3' 側に位置する read label。最後のタグの場合は NULL。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
Link 5'
ギャップの 5' 側に位置する read label。最初のタグの場合は NULL。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
Link description
プロジェクトに関連するウェブサイトの表示名。
データベース: BioProject; カテゴリー: General info
Link description
サンプルに関連するウェブサイトの表示名。
データベース: Biosample; カテゴリー: General info
LO_FILTER_SIZE
環境サンプルを分取したフィルターで一番小さいサイズ Type: varchar(50) Example: 25 micron は環境サンプルでのみ記載可能ですが必須ではありません。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
LOAD_DATE
データがロードされた日付 Type: smalldatetime Example: Jan 8 2001 11:59AM
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Internal Fields List
Location
レプリコンが存在する細胞内の場所。例: 核,分化した細胞内器官。真核生物,バクテリアや古細菌の染色体の場合 "Nuclear or Prokaryote" を使用します。
Location
Nuclear or Prokaryote
Macronuclear
Nucleomorph
Mitochondrion
Kinetoplast
Chloroplast
Chromoplast
Plastid
Virion or Phage
Proviral or Prophage
Viroid
Extrachrom
Cyanelle
Apicoplast
Leucoplast
Proplastid
Hydrogenosome
Chromatophore
Other
データベース: BioProject; カテゴリー: Target
Locus Name
Locus NameDescription
16S rRNABacterial ribosomal RNA hypervariable region(s).
18S rRNAEukaryotic small subunit ribosomal RNA.
RBCLRuBisCO large subunit: ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit.
matKMaturase K gene.
COX1Mitochondrial cytochrome c oxidase 1 gene.
ITS1-5.8S-ITS2Internal transcribed spacers 1 and 2 plus 5.8S rRNA region.
exomeAll exonic regions of the genome.
otherOther locus, please describe.
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
Locus tag prefix

[Project data type="Genome Sequencing" or "Metagenome"] AND [Capture="Whole"] AND [Objective="Sequence" or "Annotation" or "Assembly"] で Locus tag prefix 入力ボックスが現れます。 ゲノムをアセンブルするプロジェクトでは,アセンブリに対してユニークな locus tag prefix が必要です。WGS の登録のみで prefix を使用しない場合は入力欄を空にしてください。

Locus tag prefix について

Locus tag prefix のフォーマット
Locus tag prefix には3-12文字の英数字のみを含めることができます。 先頭は英文字にします。数字は2文字目以降で使用できます (例: A1C)。 シンボル (-_*) を含めることはできません。 Locus tag prefix とタグの値はアンダースコア '_' で区切ります (例: A1C_00001)。

データベース: BioProject; カテゴリー: Experiment
log-odds
「エラー確率とエラーではない確率の比」の対数で表された Quality score : -10 log (p/(1-p)) において,p はエラー確率で,値の範囲は -40..40。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Run
LONGITUDE
サンプル採取地点の経度 (standard GPS notation に基づく) Type: float Example: -86.403 環境サンプルデータの取得地点の経度。グリニッジ子午線を 0° として,子午線よりも東は +180°,西は -180° です。
次の の組み合わせで必須です:
=Env Sample-Geo; =Any
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
Marker Sequences Sample (MIMARKS)
Specimen Marker Sequences
Survey related Marker Sequences

MIMARKS specimen: for marker gene (e.g., COI) sequences obtained from any material identifiable by means of specimens

MIMARKS-specimen は培養した、あるいは同定可能な標本から得られた marker gene に対する contextual data に適用します。

MIMARKS survey: for uncultured diversity marker gene (e.g., 16S rRNA, 18S rRNA, nif, amoA, rpo) surveys

MIMARKS-survey は分離培養や生物種を同定せず、環境から直接得られた marker gene に対する contextual data に適用できます。

データベース: Biosample; カテゴリー: Sample type
Mate Pair Orientation
メイト配列の向き。
Mate Pair OrientationDescription
innieタグはお互いに向き合っている
outieタグはお互いに外を向き合っている
normalタグは順鎖上で同じ方向を向いている
anti-normalタグは逆鎖上で同じ方向を向いている
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
MATE_PAIR
同じテンプレートの逆方向から得られたリードの TI 番号 Type: int Example: 203682255 MATE PAIR は同じテンプレートの両方向 (FORWARD と REVERSE) から得られたリード。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Internal Fields List
Material
サンプルから単離された実験材料の種類。
MaterialDescription
Genome全ゲノム。核ゲノムが対象のときに使います。DNA やメタゲノムサンプルに対して用います。
Partial Genome精製された1つ以上の染色体やレプリコン
Transcriptome転写産物解析データ
Reagent化学反応や沈降反応によって得られた実験材料
Proteomeタンパク質やペプチドのデータ
Phenotype表現型解析
Other"Target description" に Material を記入します。
データベース: BioProject; カテゴリー: Project type
Material Type
記入できる語句は制限されています。 Source NameSample NameExtract NameLabeled Extract Name に続く注釈カラム (Attribute column)。 マテリアルを記述するのに使います。MGED オントロジーの MaterialType を記入します。 例: whole_organism,organism_part,cell,total_RNA。
以下のカラムで Material Type を注釈できます: Term Source REF カラムは Material Type が由来する IDF で定義されたオントロジーを参照します。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: SDRF
max Length
塩基対で表したインターバルの最大距離。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
Max Mismatch
最大のミスマッチ数。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
MD5 Checksum
データファイルの MD5 チェックサム値。MD5 チェックサム値の取得方法
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Run
MD5 Checksum
Analysis データファイルの MD5 チェックサム値。MD5 チェックサム値の取得方法補足
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Analysis
mean
塩基対で表したインターバルの平均距離。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
Member
複数のメンバーから構成されるサンプルを用いており,Analysis ファイルがメンバーごとに分轄されている場合に用います。Analysis ファイルに対応するサンプル Member を記入します。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Analysis
Member Name
Data Block をサンプルプールの Member に関連付けます。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Run
(Meta)Genomic Sequences Sample (MIMS)
Environmental/Metagenome Genomic Sequences

環境サンプルの説明もご参照ください。

データベース: Biosample; カテゴリー: Sample type
Methodology
データを得るために使われた主要な手法。
MethodologyDescription
SequencingSanger,454 や Illumina などを使ったシークエンシング
Arrayハイブリダイゼーションアレイ
Mass Spectroscopyマススペクトロメトリー
Other"Methodogy description" に Methodology を記入します。
データベース: BioProject; カテゴリー: Project type
Methodology description
Other を選択したときに Methodology type を記入します。
データベース: BioProject; カテゴリー: Project type
MI
ミドルイニシャル。
データベース: BioProject; カテゴリー: Publication
MI
ミドルイニシャル。
データベース: Biosample; カテゴリー: Publications
min Length
塩基対で表したインターバルの最小距離。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
Min Match
リードが同定されるのに必要な最小のマッチ数。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
Genome, metagenome or marker sequences (MIxS compliant)
ゲノム,メタゲノムやマーカー配列の場合に使用します。ゲノム,メタゲノムやマーカー配列が由来するサンプルの記載方法を標準化するため Genome Standards Consortium (GSC) が策定した属性が使われます。MIxS が定めた必須属性があるかどうかで MIxS を満たしているかどうかが検証されます。MIxS についての詳細は GSC ウェブサイト をご覧ください。
データベース: Biosample; カテゴリー: Sample type
Motility
選択肢から Motility を選びます。
Motility
Yes
No
データベース: BioProject; カテゴリー: Target
Name
登録者の名前。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Submission
Name
Data Block に対応する plate/slide/flowcell 名。
PlatformName
454plate name
Illuminaflowcell name
SOLiDslide name
Helicosflowcell
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Run
Name
複数の Analysis ファイルを1つの Analysis オブジェクトに関連付けるときに用います。Analysis オブジェクトに1つの Analysis ファイルしかない場合には必要ありません。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Analysis
Name
標準的なレプリコン名。
データベース: BioProject; カテゴリー: Target
NCBI_PROJECT_ID
INSDC によって管理されている BioProject ID Type: int Example: 7 は trace と BioProject database を結びつけ,プロジェクト単位でのデータ取得を可能にします。シークエンス拠点はゲノム配列データを登録する前に DDBJ BioProject にプロジェクトを登録することができます。プロジェクト登録の時点で配列データを登録する必要はありません。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
Nominal Length
ペアエンドライブラリを構築した際のインサートサイズ。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
Nominal Sdev
インサートサイズの標準偏差
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
Normalization Name
Normalization イベントに対する名前 (任意)。 MAGE-TAB ファイル中で Identifier として使われます。
以下のカラムで Normalization Name を注釈できます:
データベース: Omics Archive; カテゴリー: SDRF
Normalization Term Accession Number
Normalization Type に記入された語句のアクセッション番号。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Normalization Term Source REF
Normalization Type に記入された語句の由来元。Term Source Name に記載されたオントロジー名を記入します。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Normalization Type
正規化の種類。MGED Ontology の NormalizationDescriptionType terms 中の語句を記入します。記入できる語句は制限されています。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Notes
Primary analysis に使用されたプログラムに対するコメント。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
Objective
登録するデータの種類。
ObjectiveDescription
Raw Sequence Readsシークエンサから出力された生シークエンシングデータ
Sequence生データではない加工処理されたシークエンス (クリップされている,メイトペアが対になっている,向きが揃えられているなど)
Analysis生物学的な意味を解釈するために解析されたデータ
Assemblyアセンブリ (ゲノムやトランスクリプトーム) データ
Annotationアノテーションを得るためのデータ
Variation変異情報データ
Epigenetic Markersエピジェネティックなマーカーの探索
Expression遺伝子発現データ
Maps細胞学的,物理的なマッピングや Rh マッピング
Phenotype表現型
Other"Objective description" に Objective を記載します。
データベース: BioProject; カテゴリー: Project type
Optimum Temperature
生息の最適温度を Celsius で記入します。
データベース: BioProject; カテゴリー: Target
Organism name

Taxonomy データベースに登録されている生物名。メタゲノムや環境サンプルなどの生物名を特定できないサンプルについてはこちらのリストを参考にしてください。

複数の生物種を対象としたプロジェクトの場合,共通する階層までの生物分類 (例 属レベルまで) を記入してください。

Taxonomy データベース に該当する生物が登録されていない場合は,Novel organism を選択し Description of novel organism新規生物に関する参考情報,Organism Name に希望する生物名を記入します。

データベース: BioProject; カテゴリー: Target
ORGANISM_NAME
BARCODE プロジェクトにおいて trace が由来する生物種名 Type: varchar(100) Example: Acanthocybium solandri は BARCODE データにおいてリードを生物種ごとに分類するのに使われます。生物種名はTaxonomy Browser に従って記載します。全ての BARCODE データでは="BARCODESPECIES" になります。=BARCODE の場合に必須です。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
Organization
コンタクトパーソンが所属する組織。
データベース: Biosample; カテゴリー: Submitter
Orientation
データファイル中のペアになっているリードの相対的な向き。リファレンス配列に対する向きが同じ場合,5'-3'-5'-3' (もしくは,forward-forward),反対の場合, 5'-3'-3'-5' (もしくは,forward-reverse)。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
Oxygen requirement
酸素要求性を選択します。
OxygenReq
Aerobic
Microaerophilic
Facultative
Anaerobic
Unknown
データベース: BioProject; カテゴリー: Target
Pages from
論文の開始ページ。
データベース: BioProject; カテゴリー: Publication
Pages from
データベース: Biosample; カテゴリー: Publications
Pages to
論文の終了ページ。
データベース: BioProject; カテゴリー: Publication
Pages to
データベース: Biosample; カテゴリー: Publications
PairedEnd
物理的なゲノム断片を両端からシークエンスした配列対。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
Parameter Value[]
Protocol REF に続く注釈カラム。 カラムヘッダーで参照されている Protocol parameters の値。
以下のカラムで Parameter Value[] を注釈できます: IDF で Protocol Name "Array Hybridization" が Protocol Parameters "hybridization temp;hybridization volume" と一緒に記載されている場合,以下のように SDRF を作成できます。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: SDRF
PEAK_FILE
peak value が記載されたファイル Type: varchar(200) Example: ./mytraces/123clone.peak 説明については をご覧ください。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
Performer
Protocol REF に続く注釈カラム。 プロトコールを実行した研究者の名前やセンター名。 シークエンシングプロトコールの場合、この内容は DRA 登録の run center name として使われます。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: SDRF
Person Address
登録者の住所 (公開されません)。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Person Affiliation
登録者の所属する組織 (公開されます)。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Person Email
登録者の E-mail アドレス (公開されません)。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Person Fax
登録者の FAX 番号 (公開されません)。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Person First Name
登録者のファーストネーム。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Person Last Name
登録者のラストネーム。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Person Mid Initials
登録者のミドルネーム。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Person Phone
登録者の電話番号 (公開されません)。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Person Roles
Person の役割。Roles terms 中の語句を記入します。1人に対して複数の役割が必要な場合はセミコロン (";") で区切って記入します。例: "submitter;data_coder;investigator"。記入できる語句は制限されています。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Person Roles Term Accession Number
Person Roles に記入された語句のアクセッション番号。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Person Roles Term Source REF
Person Roles に記入された語句の由来元。Term Source Name に記載されたオントロジー名を記入します。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
PH
環境サンプルが採取された場所の pH Type: float Example: 7.2 は環境サンプルでのみ記載可能ですが必須ではありません。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
phred
エラー確率の対数で表された Quality score。 -10 log (1/p) において,p はエラー確率,Quality score の範囲は 0..63,0 はベースコールがないことを表す。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Run
PICK_GROUP_ID
同じ時に取得された trace をまとめる ID Type: int Example: 939065
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
Pipeline Program
一次解析に使用したプログラムやプロセスの名称。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Analysis
Pipeline Version
一次解析に使用したプログラムやプロセスのバージョン。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Analysis
PLACE_NAME
生物学的サンプルが得られた地点の国名 and/or 一般に通用する名称 Type: varchar(250) Example: Octopus Springs は環境サンプルでのみ記載可能ですが必須ではありません。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
PLATE_ID
登録者が付けたプレート ID Type: varchar(32) Example: 203 はシークエンステンプレートが保存された場所を指し示します( に記載されたクローンの保存場所ではありません)。この情報はこぼれたり何かが混入したプレートを同定するのに役立ちます。プレートを使用しない実験の場合は '0' を記入します。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
Ploidy
選択肢から Ploidy を選びます。
Ploidy
Haploid
Diploid
Polyploid
Allopolyploid
データベース: BioProject; カテゴリー: Target
Pooling Strategy
複数サンプルがプールされている場合にサンプルやライブラリがどのようにしてプールされたかを記載します。
Pooling StrategyDescription
NoneThere is a one-to-one correspondence with sample and library (normal case).
Simple poolThe sequencing is done on a pool of identified samples which cannot be distinguished in the sequencing result.
Multiplexed samplesMultiple libraries were prepared each of which can be distinguished in the sequencing result through a molecular barcode or other indicator. Each library may be made from the same or different samples.
Multiplexed librariesMultiple libraries were prepared each of which can be distinguished in the sequencing result through a molecular barcode or other indicator. Each library may be made from the same or different samples. This option is expected when the libraries are part of the same study.
Spiked libraryOne library is prepared with an oligonucleotide sequence included that when sequenced can help provide quality control for the library.
OtherOther, unspecified, or unknown pooling strategy.
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
POPULATION_ID
登録者が trace (もしくは trace のグループ) が由来する population に付けた ID Type: varchar(100) Example: CEPH は集団を特定するのに使われます。この情報は population study (通常 =SNP) で使用されます。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
Precedes Read Index
後ろのリードの Read Index。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
PREP_GROUP_ID
同じ時に調整された trace をまとめる ID Type: varchar(30) Example: A2
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
PRIMER
シークエンス反応で使われたプライマー配列 Type: varchar(200) Example: GAATACCTACGATCGCC にはシークエンスプライマーの塩基配列を記入します。センターが多種類のプライマーを使っている場合は に primer code のリストを記載します。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
PRIMER_CODE
シークエンスプライマーに対するコード Type: varchar(30) Example: Sp6
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
PRIMER_LIST
マッピング実験 (例 AFLP) で使われた ';' で区切られたプライマーのリスト Type: varchar(100) Example: AAGGTCTGCGCGTGTC;AGCTGCGTACGTAATCG; この項目は="AFLP" と ="PCR" の組み合わせのときに必須です。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
Private comments to DDBJ staff
データベーススタッフへの質問,プロジェクトに関する追加情報を記入します。内容は公開されません。アンブレラプロジェクトを登録する場合,ここにその旨を記載します。
データベース: BioProject; カテゴリー: General info
Private comments to DDBJ staff
DDBJ スタッフへのコメント。コメントは内部的に使用されるだけで,公開されるレコードには含まれません。
データベース: Biosample; カテゴリー: Comments
Processing step name
プロセスステップの名前。例) base call。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
Program
Primary analysis に使用されたプログラムの名前。例) Illumina GA pipeline。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
PROGRAM_ID
trace ファイルを作成するのに使われたプログラム Type: varchar(100) Example: phred-19990722h ベースコールに使われたプログラムをフリーテキストで記載します。プログラムの名前,バージョン番号や日付はとても有用です。
例:
  • phred-19980904e
  • abi-3.1
  • ATQA
  • TraceTuner
  • Licor
  • Megabase
  • Beckman
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
Project data type

Project の分類。以下の選択肢から該当する type を選びます。複数選択することができます。News: Project data type を複数選択できるようになりました

NCBI ではプロジェクトにリンクしている実験データから独自に Project data type を割り振っています。また,EBI では Project data type を使用していません。

Project Data typeDescription
Genome Sequencing全ゲノムや部分ゲノム塩基配列決定プロジェクト (ゲノムアセンブリの有無は問わない)
Clone Endsクローンエンド塩基配列決定プロジェクト
Epigenomicsメチル化, ヒストン修飾, クロマチン構造に関するデータセット
Exomeエクソームリシークエンシングプロジェクト
Map塩基配列ではないマップデータをもたらすプロジェクト (genetic map, radiation hybrid map, cytogenetic map, optical map など)
Metagenome環境サンプルの配列解析
Phenotype and Genotype表現型と遺伝子型の相関を解析するプロジェクト
Proteome マススペクトロメトリー解析を含む大規模プロテオミクス実験
Random Surveyランダムに収集した (対象の包括的なサンプリングを目的としていない) サンプルから得られた配列
Targeted Locus (Loci)特定の遺伝子座 (16S rRNA など) の塩基配列決定プロジェクト
Transcriptome or Gene ExpressioncDNA, EST, RNA-seq, マイクロアレイ実験を含む大規模 RNA 塩基配列決定や発現解析
Variation集団間に存在する大小の変異を同定することを目的としたプロジェクト
Other”Project data type description” に Project Data Type を記入します。
データベース: BioProject; カテゴリー: Project type
Project data type description
Other を選択したときは Project data type をここに記入します。
データベース: BioProject; カテゴリー: Project type
Project title
プロジェクトの内容を表す短いタイトル。このタイトルは公開されたプロジェクトのタイトルとして使われます。例: Chromosome Y sequencing,Global studies of microbial diversity on human skin.
データベース: BioProject; カテゴリー: General info
PROJECT_NAME
異なるセンターからの trace をまとめる共通したプロジェクト名 Type: varchar(50) Example: New Project シークエンス拠点は共通したプロジェクト名を用いることで,あるプロジェクトから産みだされる全ての trace をグループ化することができます。記載可能なプロジェクト名は制限されています。この項目を利用する場合は事前に DDBJ Trace Archive に連絡し,全てのプロジェクト参加者が同意しているプロジェクト名を伝えます。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
Protocol Contact
プロトコールに関する問い合わせ先。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Protocol Description
プロトコールをフリーテキストで記述します。このテキストはタブで区切られた1フィールド内に収めます。テキストのなかにタブや改行を入れる場合は,テキスト全体をダブルクォートで囲みます。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Protocol Hardware
プロトコールで使われたハードウェア。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Protocol Name
プロトコールの名前。SDRF の "Protocol REF" で参照されます。MAGE-TAB ファイル中で Identifier として使われます。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Protocol Parameters
プロトコールの変数名。SDRF の "Parameter Value [<parameter name>]" で変数の値を記すときに参照されます。複数の変数がある場合,それらをセミコロン (";") で区切って記入します。MAGE-TAB ファイル中で Identifier として使われます。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Protocol REF
IDF に記載されている Protocol Name や登録済みのプロトコールに対するArrayExpress/DOR のアクセッション番号。
以下のカラムで Protocol REF を注釈できます: IDF でプロトコールが定義されていない場合,Term Source REF にプロトコールの参照元のデータベース名を記載します。 ArrayExpress/DOR 以外は記載できません。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: SDRF
Protocol Software
プロトコールで使われたソフトウェア。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Protocol Term Accession Number
Protocol Type に記入された単語のアクセッション番号。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Protocol Term Source REF
Protocol Type に記入された単語の由来元。Term Source Name に記載されたオントロジー名を記入します。例 MGED ontology,OBI。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Protocol Type
MGED Ontology の ExperimentalProtocolType terms 中の語句を記入します。記入できる語句は制限されています。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Provider
Source Name の注釈カラムとして使います。 Source が得られた組織や個人をフリーテキストで記述します。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: SDRF
Description
研究対象やゴールに関する記載。第三者がデータを解釈することができるように十分な量 (100 文字以上) の情報を記入します。
データベース: BioProject; カテゴリー: General info
Public Release Date
登録データが公開された日付。日付は "YYYY-MM-DD" 形式で記入します (例: 2011-10-10)。このフィールドは1つの値しか持てません。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Publication Author List
文献の著者リスト。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Publication DOI
登録データを引用している文献の Digital Object Identifier (DOI)。Pubmed ID がある場合は Pubmed ID のみを記載します。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Publication Status
文献のステータス (例: "submitted","in preparation","published")。記入できる語句は左記のものに制限されています。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Publication Status Term Accession Number
Publication Status に記入された語句のアクセッション番号。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Publication Status Term Source REF
Publication Status に記入された語句の由来元。Term Source Name に記載されたオントロジー名を記入します。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Publication Title
文献のタイトル。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
PubMed ID
登録データを引用している文献の PubMed ID。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
PubMed ID
Submission 中のサンプルに共通する文献の PubMed ID を入力してください。論文情報を追加するには?
データベース: Biosample; カテゴリー: Publications
PubMed ID
文献の PubMed ID(s)。
<Publication id="15557739">
	<DbType>ePubmed</DbType>
</Publication>
<ProjectReleaseDate> ...
データベース: BioProject; カテゴリー: Publication
QUAL_FILE
quality score を含んだファイル Type: varchar(200) Example: ./mytraces/123clone.fasta.qs trace ファイルが quality score を含んでいない場合,quality score が含まれた別のファイルを登録します。 でファイルを指定します。trace (通常は scf) ファイル中の quality score は のもので上書きされます。 と trace ファイルの quality score が同じ場合は QUAL_FILE を登録しないでください。 の両方を登録する場合は,あわせて peak index 情報を として別ファイルで登録します。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
Quality Control Term Accession Number
Quality Control Type に記入された語句のアクセッション番号。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Quality Control Term Source REF
Quality Control Type に記入された語句の由来元。Term Source Name に記載されたオントロジー名を記入します。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Quality Control Type
Quality control の方法。MGED Ontology の QualityControlDescriptionType terms 中の語句を記入します。記入できる語句は制限されています。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Read Group Tag
マッチした場合,リードはこの Read Group Tag のメンバーであると同定されます。タグ配列をサンプルプールの Member に関連付けるのに使います。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
Reference title
論文のタイトル。
データベース: BioProject; カテゴリー: Publication
Reference title
データベース: Biosample; カテゴリー: Publications
REFERENCE_ACC_MAX
リシークエンスや比較ゲノム解析における amplicon の終了位置 Type: int Example: 30929 この項目はの accession.versionで特定されたリファレンス配列の終端の座標を記入します。スタートを (0ではなく) 1とした塩基対座標で記入します。
次の の組み合わせで必須です:
=Re-sequencing; =SHOTGUN; PCR;RT-PCR
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
REFERENCE_ACC_MIN
リシークエンスや比較ゲノム解析における amplicon の開始位置 Type: int Example: 29829 この項目はの accession.versionで特定されたリファレンス配列の開始座標を記入します。スタートを (0ではなく) 1とした塩基対座標で記入します。
次の の組み合わせで必須です:
=Re-sequencing; =SHOTGUN; PCR;RT-PCR
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
REFERENCE_ACCESSION
リシークエンスプロジェクトで使用されるリファレンス配列のアクセッション番号 (配列を特定するためにバージョン番号も併記します)。 Comparative study の場合はプライマーデザインの情報も付け加えます。 Type: varchar(50) Example: NT_029829.1 次の の組み合わせで必須です:
=Re-sequencing;Comparative =Any
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
REFERENCE_OFFSET
リシークエンス解析でスタートの位置を決める REFERENCE_ACCESSION で指定された配列におけるオフセット値 Type: int Example: 1520899 この項目はの accession.versionで特定されたリファレンス配列の終端の座標を記入します。スタートを (0ではなく) 1とした塩基対座標で記入します。
次の の組み合わせで必須です:
=Re-sequencing; =CHIP
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
REFERENCE_SET_MAX
リシークエンスされた領域全体の終了位置。この領域は複数の amplicon を含むことがあります Type: int Example: 29829 この項目にはの accession.versionで指定されたリシークエンスされた領域全体の終了位置を記入します。スタートを (0ではなく) 1とした塩基対座標で記入します。REFERENCE_ACC_[MIN|MAX] と REFERENCE_SET_[MIN|MAX]のセットは同じ REFERENCE_ACC を参照する必要があります。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
REFERENCE_SET_MIN
リシークエンスされた領域全体の開始位置。この領域は複数の amplicon を含むことがあります Type: int Example: 29829 この項目にはの accession.versionで指定されたリシークエンスされた領域全体の開始位置を記入します。スタートを (0ではなく) 1とした塩基対座標で記入します。REFERENCE_ACC_[MIN|MAX] と REFERENCE_SET_[MIN|MAX]のセットは同じ REFERENCE_ACC を参照する必要があります。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
Region
Data Block が属する下位のランデータの区分。通常,イメージングカメラの視野領域に対応します。
PlatformRegion
4540 if whole plate is used, 1..16 for gasket partition.
IlluminaTile number (1..200+), or use 0 if file contains all tiles.
SOLiDPanel number (1..4096), or use 0 if file contains all panels.
HelicosField
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Run
Release
プロジェクトデータを即日公開する。この BioProject ID を引用している非公開の DDBJ レコードが公開されることはありません。
データベース: BioProject; カテゴリー: Submitter
Release
登録したサンプルは査定された後,公開されます。
データベース: Biosample; カテゴリー: Submitter
Relevance
最も関連性が高い分野を選択します。
RelevanceDescription
Agricultural
Medical
Industrialバイオレメディエーション,バイオ燃料といった大量生産を意図している研究分野
Environmental
Evolution
ModelOrganism
Other選択肢にない研究分野。"Relevance description" に研究分野を記入します。
データベース: BioProject; カテゴリー: General info
Relevance description
Other を選択したときはここに Relevance を記入します。
データベース: BioProject; カテゴリー: General info
REPLACED_BY
"active" な TI を置き換えた TI Type: int Example: 304753779 この項目は最新のデータセットを指し示します。trace が更新された場合 は新しいが入力されます。メタデータのみが更新された場合は replaced_by=0 で表示されません。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Internal Fields List
Replicate Term Accession Number
Replicate Type に記入された語句のアクセッション番号。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Replicate Term Source REF
Replicate Type に記入された語句の参照元。Term Source Name に記載されたオントロジー名を記入します。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Replicate Type
レプリケートの種類。MGED Ontology の ReplicateDescriptionType terms 中の語句を記入します。記入できる語句は制限されています。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Reproduction
選択肢から Reproduction を選びます。
Reproduction
Sexual
Asexual
データベース: BioProject; カテゴリー: Target
Run Center
ランを実行したシークエンシング拠点や会社の名前。Run Center にはCenter Name リスト に加えてRun Center リストに記載されている名前を複数記入することができます。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Run
Run Date
ランが行われた日付。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Run
RUN_DATE
シークエンス反応が行われた日付 Type: datetime Example: 2000-10-28
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
RUN_GROUP_ID
同じシークエンサーでランされた trace につける ID Type: varchar(30) Example: group2
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
RUN_LANE
trace のレーン,もしくはキャピラリ Type: int Example: 1 には trace が得られたレーンやキャピラリを記入します。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
RUN_MACHINE_ID
trace が得られたシークエンサーの ID Type: varchar(30) Example: machine2
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
RUN_MACHINE_TYPE
trace が得られたシークエンサーのモデル名 Type: varchar(30) Example: ABI 310
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
Run/Analysis
データファイルが Run もしくは Analysis に属しているのかを指定します。ウェブ画面上では入力できず,属している Run もしくは Analysis の alias が選択されると自動的に入力されます。タブ区切りテキストファイルで入力する場合には,Run もしくは Analysis を入力します。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Run
Run/Analysis
データファイルが Run もしくは Analysis に属しているのかを指定します。ウェブ画面上では入力できず,属している Run もしくは Analysis の alias が選択されると自動的に入力されます。タブ区切りテキストファイルで入力する場合には,Run もしくは Analysis を入力します。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Analysis
Run/Analysis contains files
データファイルが属する Run を選択します。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Run
Run/Analysis contains files
データファイルが属する Analysis を選択します。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Analysis
SALINITY
環境サンプルが採取された場所の千分率で表された塩濃度 Type: float Example: 20 は環境サンプルでのみ記載可能ですが必須ではありません。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
Salinity
選択肢から Salinity を選びます。
Salinity
NonHalophilic
Mesophilic
ModerateHalophilic
ExtremeHalophilic
Unknown
データベース: BioProject; カテゴリー: Target
Sample attributes
属性のリスト モデルごとにカスタマイズされた BioSample ワークシートをダウンロードします。 ワークシートはタブ区切りテキストファイルでスプレッドシートプログラムやテキストエディタで開くことができます。
データベース: Biosample; カテゴリー: Attributes
Sample Name
Sample の名前。MAGE-TAB ファイル中で Identifier として使われます。
以下のカラムで Sample Name を注釈できます:
データベース: Omics Archive; カテゴリー: SDRF
Sample scope
研究で使われた生物学的サンプルの対象を選択肢から選びます。
Sample scopeDescription
Monoisolate単一の動物,培養細胞のセルライン,育種された均一な集団
Multiisolate複数の個人や集団 (特定の種)
Multi-speciesサンプルが複数の種を含んでいる
Environmentサンプルに含まれる種が不明
Synthetic人工的に合成されたサンプル
Other"Target description" に Sample scope を記入します。
データベース: BioProject; カテゴリー: Project type
Scan Name
Scan イベントに対する名前 (任意)。MAGE-TAB ファイル中で Identifier として使われます。
以下のカラムで Scan Name を注釈できます:
データベース: Omics Archive; カテゴリー: SDRF
SDRF File
IDF ファイルに付属する SDRF ファイルの名前。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Sector
Data Block が属する上位のランデータの区分。
PlatformSector
454not used
IlluminaLane number
SOLiDslide
Helicoschannel
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Run
SEQ_LIB_ID
シークエンスに使用された M13/PUC ライブラリー Type: varchar(255) Example: 22194 シークエンスに用いられた M13/PUC ベースのクローンに対してセンターが独自に付けた ID を記入します。この ID で trace を ligation event でまとめることができるようになります。
次の の組み合わせで必須です:
=Any;=SHOTGUN
=Any;=WGS/WCS
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
Sequence Length
両方のメイトペアと全ての Technical Read を含んだ配列長。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
Sequence Length
両方のメイトペアと全ての Technical Read を含んだ配列長。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
Shape
該当する全てのオプションを選びます。
ShapeDescription
Bacillirod-shaped
Coccispherical-shaped
Spirillaspiral-shaped
Coccobacillielongated coccal form
Filamentousfilament-shaped (bacilli thar occur in long threads)
Vibriosvibrio-shaped (short, slightly curved rods)
Fusobacteriafusiform or spindle-shaped (rods with tapered ends)
SquareShaped
CurvedShaped
Tailed
データベース: BioProject; カテゴリー: Target
Short Name
標準的なリファレンス配列の short name。
Short NameDescription
GRCh37GRCh37 is the Genome Reference Consortium Human Reference 37 released 24-FEB-2009, and includes haploid and alternative loci sequences.
GRCh37-liteGRCh37-lite is a subset of the full GRCh37 human genome assembly plus the human mitochondrial genome reference sequence (the "rCRS") from Mitomap.org. This set of sequences excludes all the alternate loci scaffolds of the full GRCh37 assembly, and has the pseudo-autosomal regions (PARs) on chromosome Y masked with Ns. This haploid representation of the genome is provided as a convenience for use in alignment pipelines that cannot handle the multiple placements expected in the PARs and in regions of the genome that are represented by the alternate loci.
HG18The March 2006 human reference sequence (NCBI Build 36.1) was produced by the International Human Genome Sequencing Consortium and is distributed by UCSC.
NCBI36NCBI Build 36.3 released 24 March 2008. This build consists of a reference assembly for the whole genome, alternate assemblies for the whole genome produced by Celera and by JCVI, plus alternate assemblies for some parts of the genome.
NCBI36-HG18_Broad_variantBroad Institute variant of Build 36/HG 18.
NCBI36_BCCAGSC_variantBritish Columbia Cancer Agency Genome Sequencing Center variant of Build 36/HG 18.
NCBI36_BCM_variantBaylor College of Medicine variant of Build 36/HG 18.
NCBI36_WUGSC_variantWashington University variant of Build 36/HG 18.
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Analysis
Size
推定されるゲノムサイズとその単位。
データベース: BioProject; カテゴリー: Target
Source Name
Source の名前。 MAGE-TAB ファイル中で Identifier として使われます。
以下のカラムで Source Name を注釈できます:
データベース: Omics Archive; カテゴリー: SDRF
SOURCE_TYPE
DNA のソース Type: varchar(50) Example: GENOMIC DNA に記載可能なコードとその説明は以下です:
  • G=Genomic DNA (ゲノム DNA からの PCR 産物を含む)
  • N=Non Genomic DNA (EST, cDNA, RT-PCR, screenedlibraries)
  • VIRAL RNA=Viral RNA
  • SYNTHETIC=Synthetic DNA

記載可能なコードは G,N,GENOMIC,NON GENOMIC,VIRAL RNA,SYNTHETIC です。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
SPECIES_CODE
trace が得られた生物種 Type: varchar(100) Example: Homo sapiens は分類学上の生物種名でリードを分類するのに使われます。この項目はコントロールされています。Trace Archive に含まれている生物種名のリスト:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/trace.cgi?cmd=stat&f=xml_list_species&m=obtain&s=speciesリストに含まれていない生物を登録する場合は,データを投稿する前に DDBJ Trace Archive に連絡します。trace が由来する生物を分類できない場合は,環境サンプルには 'ENVIRONMENTAL SEQUENCE' を人工物には 'ARTIFICIAL SEQUENCE' を使用することができます。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
Spot Length

データファイル中のリードの長さを記載します。ペアードの場合は両リードの合計長 (ギャップ長は除きます) を記入します。

  • Spot length が一定の場合,一定の値を記入
  • リード長が一定ではない 454 プラットフォームの場合,フロー数を記入
  • 不定長の fastq の場合,平均長を記入
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
Spot Type
データファイル中のリード構成を選択します。
Spot TypeDescription
singleSingle read
paired (FF)Paired reads with same direction.
paired (FR)Paired reads with opposite direction.
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
start
マッチとミスマッチの両方が前からカウントされます。ミスマッチの数が Max Mismatch を超えた場合 - マッチではない。マッチした数が Min Match に達した場合 - マッチとみなされる。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
STATE
trace の status Type: varchar Example: active 取り得る値:
  • active
  • updated
  • withdrawn
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Internal Fields List
stdev
塩基対で表したインターバルの標準偏差。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
STRAIN
trace が由来する strain Type: varchar(50) Example: C57BL/6J ="SNP" のときに必須です。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
Strain, breed, cultivar
微生物の株名,もしくは真核生物の品種や栽培品種。この情報,もしくは "Isolate name or label" を提供してください。
データベース: BioProject; カテゴリー: Target
STRATEGY
実験的な strategy Type: varchar(50) Example: MODEL VERIFY trace を得る上で採用された実験上の 。値はコントロールされていますが,登録者はリストへの新しい用語の追加を申請することができます。

  • AFLP: Amplified Fragment Length Polymorphism
  • BARCODE: DNA sequence analysis of a uniform target gene toenable species identification
  • CCS: Concatenated cDNA sequencing
  • cDNA: Sequences generated in the process of sequencing cDNAclones
  • CF-S: Cot-filtered single/low-copy genomic DNA
  • CF-M: Cot-filtered moderately repetitive genomic DNA
  • CF-H: Cot-filtered highly repetitive genomic DNA
  • CF-T: Cot-filtered theoretical single-copy DNA
  • CLONE: Genomic clone based (hierarchical) sequencing
  • CLONEEND: Sequences generated from the end of a clone(BAC/PAC/Fosmid or cDNA)
  • Comparative: Sequences obtained using primers design fromrelated species
  • CTS: Concatenated Tag Sequencing
  • Env Sample-GEO: Geographically generated environmentalsample
  • Env Sample-Host: Environmental samples collected from aspecific host
  • EST: single pass sequencing of cDNA templates
  • FINISHING: a read specifically made for finishing, could beeither BAC finishing or Whole Genome Assembly (WGA) finishing
  • MODEL VERIFY: Sequences obtained to verify proposed genemodels
  • PoolClone: Pools of clones (BACs mostly)
  • SNP: Reads used for SNP identification
  • TARGETED LOCUS: Sequences obtained from templates generated byprimers designed to amplify a specific genetic locus
  • Re-sequencing: Re-sequencing of targeted genomic regions
  • RT-PCR: Sequences obtained using templates generated by ReverseTranscriptase Polymerase Chain Reaction
  • WGA: Whole Genome Assembly
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
Study Ref
Experiment が属する Study。MetaDefine の Relation で Experiment を Study に関係付けると,属する Study の Alias が表示されます。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
Study Ref
Analysis が属する Study。MetaDefine の Relation で Analysis を Study に関係付けると,属する Study の Alias が表示されます。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Analysis
SUBMISSION_TYPE
submission の種類 Type: varchar(50) Example: NEW 記載可能な値:
  • NEW: 新しいデータを登録するとき
  • UPDATE:trace とメタデータを更新するとき。以前のデータは TI とともに保存され,更新された trace には新しい TI が付与され active になります。
  • UPDATEINFO:登録済みの trace を変えることなくメタデータのみを更新するとき
  • WITHDRAW:trace を withdraw するとき
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
Submitting organization
組織のフルネーム。
データベース: BioProject; カテゴリー: Submitter
Submitting organization
組織のフルネーム。
データベース: Biosample; カテゴリー: Submitter
Submitting organization URL
登録者が所属する組織の URL。
データベース: BioProject; カテゴリー: Submitter
Submitting organization URL
登録者が所属する組織の URL。
データベース: Biosample; カテゴリー: Submitter
Suffix
著者の称号。
データベース: BioProject; カテゴリー: Publication
Suffix
データベース: Biosample; カテゴリー: Publications
SVECTOR_ACCESSION
シークエンスベクターの DDBJ/EMBL/GenBank アクセッション番号 Type: varchar(50) Example: X52325
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
SVECTOR_CODE
センターが独自にシークエンスベクターに付けたコード Type: varchar(50) Example: pBluescript SK(+)
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
Tandem
タグ配列間のタンデムギャップ。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
Target description
Other を選択したときに Sample scope/Material/Capture を記入します。
データベース: BioProject; カテゴリー: Project type
TAXID
NCBI Taxonomy ID Type: int Example: 10090 DDBJ Trace Archive と NCBI Taxonomy Browser とを結びつけます。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Internal Fields List
Taxonomy ID
NCBI Taxonomy ID
データベース: BioProject; カテゴリー: Target
Technology Type
記入できる語句は制限されています。 Assay Name に続く注釈カラムとして使えます。ハイブリダイゼーション以外の一般的なアッセイのタイプを記入します。例: high_throughput_sequencing。
以下のカラムで Technology Type を注釈できます: Term Source REF カラムは Technology Type が由来する IDF で定義されたオントロジーを参照します。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: SDRF
TEMPERATURE
環境サンプルが採取された地点の温度 (oC) Type: float Example: 30 は環境サンプルでのみ記載可能ですが必須ではありません。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
Temperature range
生息温度での分類を選びます。
TemperatureRange
Cryophilic
Psychrophilic
Mesophilic
Thermophilic
Hyperthermophilic
Unknown
データベース: BioProject; カテゴリー: Target
TEMPLATE_ID
登録者がシークエンスしたテンプレートに付けた ID Type: varchar(50) Example: HBBBA2211 は実際にシークエンスされたテンプレートを同定するのに使われます。この情報と TRACE_END を組み合わせ,ある2つの trace が同じクローンの両側から得られた 'mate_pairs' かどうか判断しています。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
Term Accession Number
Term Source REF の注釈カラム。 Term Source で指定されたオントロジーやデータベースにおけるアクセッション番号。
以下の例は付随する IDF の Term Source で "NCI Metathesaurus" が定義されていることが前提になっています。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: SDRF
Term Source File
Term Source が参照しているファイル名や URI。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Term Source Name
MAGE-TAB で使われたオントロジーやデータベース名。対応する全ての "Term Source REF" フィールドから参照されます。例: MGED Ontology,NCI MetaThesaurus,ArrayExpress。MAGE-TAB ファイル中で Identifier として使われます。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
Term Source REF
コントロールされた語句を使用するカラム (例: Characteristics[]),もしくは外部オブジェクトを参照しているカラム (例: Protocol REF) で使用します。 前のカラムで使用された語句が由来する IDF で定義されたオントロジーやデータベースの Term Source を参照します。
以下のカラムで Term Source REF を注釈できます:
データベース: Omics Archive; カテゴリー: SDRF
Term Source Version
MAGE-TAB で使われた Term Source のバージョン。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: IDF
This publication has multiple authors
この項目をチェックすると記入された著者名の後に "et al" が付加されます。
データベース: BioProject; カテゴリー: Publication
This publication has multiple authors
チェックすると入力した著者名に "et al" が付け足されます。
データベース: Biosample; カテゴリー: Publications
TI
trace 固有のアクセッション番号 Type: int Example: 304753779 trace がデータベースにロードされた時点で TI が付与されます。どのようなレコードでも TI で取得できます。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Internal Fields List
Title
検索結果で表示される Experiment の短いタイトル。 自動的に "[Sequencing Instrument Model] [paired end] sequencing of [BioSample ID]" というタイトル(例 "Illumina HiSeq 2000 paired end sequencing of SAMD00025741")が構築されます。 独自のタイトルを入力する場合は,Experiment の内容をタブ区切りテキストファイルとしてダウンロードし,Title カラムにユニークなテキストを入力しアップロードします。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
Title
Run の短いタイトル。ユニークなタイトルを付けます。 検索結果で表示される Run の短いタイトル。 自動的に "[Sequencing Instrument Model] [paired end] sequencing of [BioSample ID]" というタイトル(例 "Illumina HiSeq 2000 paired end sequencing of SAMD00025741")が構築されます。 独自のタイトルを入力する場合は,Run の内容をタブ区切りテキストファイルとしてダウンロードし,Title カラムにユニークなテキストを入力しアップロードします。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Run
Title
Analysis オブジェクトのタイトル。
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Analysis
TRACE_END
リードに含まれるテンプレートの向き Type: varchar(50) Example: F は以下の値を持てます:
  • F: FORWARD
  • R: REVERSE
  • N: UNKNOWN
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
TRACE_FILE
ルートからの trace ファイルまでの絶対パス Type: varchar(200) Example: ./traces/TRACE001.scf
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
TRACE_FORMAT
trace のファイル形式 Type: varchar(20) Example: scf は以下の値を持てます:
  • SCF - DNA シークエンス装置から出力される標準的なフォーマット
  • ABI - ABI-tracefile は trace データと塩基配列を含むバイナリーファイルです
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
TRACE_NAME
登録者が trace に付ける名前 Type: varchar(250) Example: HBBBA1U2211 はセンター単位でユニークであればよく,センター間でユニークである必要はありません。Trace Archive では の組み合わせがユニークなキーとして働きます。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
TRACE_TYPE_CODE
trace が取得されたシークエンス strategy Type: varchar(50) Example: wgs には trace を得るのに使われたシークエンス strategy を記入します。

取り得る値:
  • CHIP: Sequences obtained using microarrays (also called DNAchips or gene chips)
  • CLONEEND: Sequences generated from the end of a large insert(BAC/PAC/Fosmid) or cDNA clone
  • EST: Single Pass Expressed Sequence Tag
  • HTP SELEX: High throughput SELEX
  • OTHER: Other than PCR, PrimerWalk, SHOTGUN or TRANSPOSON forFINISHING
  • PCR: Sequences obtained using templates generated by genomicPolymerase Chain Reaction
  • PrimerWalk: Sequences generated through a primer walkingstep
  • RT-PCR: Sequences obtained using templates generated by ReverseTranscriptase Polymerase Chain Reaction
  • SHOTGUN: Shotgun sequencing of clones (genomic or cDNA)
  • TRANSPOSON: Sequences obtained using templates generated bytransposons
  • WCS: Whole Chromosome Shotgun
  • WGS: Whole Genome Shotgun
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
TRANSPOSON_ACC
シークエンステンプレートを生成するのに使われたトランスポゾンの DDBJ/EMBL/GenBank アクセッション番号 Type: varchar(50) Example: X00913 次の の組み合わせの時に必須です:=Any;=TRANSPOSON
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
TRANSPOSON_CODE
シークエンステンプレートを生成するのに使われたトランスポゾンにセンターが付けたコード Type: varchar(50) Example: Mu transposon 次の の組み合わせの時に必須です:=Any;=TRANSPOSON
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
Trophic Level
選択肢から TrophicLevel を選びます。
TrophicLevel
Autotroph
Heterotroph
Mixotroph
データベース: BioProject; カテゴリー: Target
Type
Replicon type を選択します。
Replicon type
Chromosome
Plasmid
Linkage Group
Segment
Other
データベース: BioProject; カテゴリー: Target
Unit[]
記入できる語句は制限されています。Characteristics[]Factor Value[] もしくは Parameter Value[] に続く注釈カラム。 前のカラムに記載された値の単位を記載します。単位の種類を [] に含めます,例:Unit[TimeUnit]。 MGED オントロジーの Unit サブクラス を使います。
以下のカラムで Unit[] を注釈できます: Term Source REF カラムは Unit で使われた語句が由来する IDF で定義されたオントロジーを参照します。
データベース: Omics Archive; カテゴリー: SDRF
UPDATE_DATE
データが update/replace された日時 Type: smalldatetime Example: Jul 19 2001 3:48PM 最後に更新された日時が記録されます。
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Internal Fields List
URL
プロジェクトに関連するウェブサイトの URL。
データベース: BioProject; カテゴリー: General info
URL
ウェブサイトの URL。
データベース: Biosample; カテゴリー: General info
value
頻度カウント,もしくは 0
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
Version
Primary analysis に使用されたプログラムのバージョン。例) 1.7
データベース: Sequence Read Archive; カテゴリー: Experiment
Volume
雑誌の巻。
データベース: BioProject; カテゴリー: Publication
Volume
データベース: Biosample; カテゴリー: Publications
WELL_ID
シークエンス反応が行われたウェルにセンターが付けた ID Type: varchar(50) Example: A1 と一緒にシークエンス反応が行われた場所を特定するのに利用されます ( も参照)。通常シークエンス反応は標準的な 96 もしくは 384 穴プレートで行われます (下の標準的なウェルの配置図を参照)。
標準的な 96 穴プレートの配置
標準的な 96 穴プレートの配置
標準的な 384 穴プレートの配置
標準的な 384 穴プレートの配置
データベース: Trace Archive; カテゴリー: Metadata Field List
Year
出版年。
データベース: BioProject; カテゴリー: Publication
Year
データベース: Biosample; カテゴリー: Publications