DTA への登録

概要*

DDBJ Trace Archive (DTA) への登録にはメタデータtrace ファイルが必要です。 ユニークなアクセッション番号 (TI 番号) は trace が NCBI Trace Archive にロードされるときに付与されます。 NCBI Trace Archive にロードされると TI 番号が割り振られ,データは公開されます。

注意: TI 番号発行とデータ公開は同時になります。

登録アカウントの取得*

登録者は DDBJ 登録システム のアカウントを取得する必要があります。 D-way 登録アカウントマニュアルに従いアカウントを取得してください。

登録用ファイルの準備*

メタデータファイル (TRACEINFO ファイル) で登録するデータについて記述し,trace ファイルの場所を示します。 トップディレクトリを作成し,全てのメタデータファイルをトップディレクトリの下に配置します。 トップディレクトリ下に1つ以上のディレクトリを作成し,trace ファイルはそのディレクトリ内に配置します。 trace ファイル (SCFABI フォーマットのどちらの場合でも) はトップレベルではなく,サブディレクトリのなかにある必要があります。 サブディレクトリ名には trace やプロジェクトの名前を使うことを推奨します。 さらにサブディレクトリを作成し trace をグループに分けることができます。
以下は登録ディレクトリの構成例です。

[登録ディレクトリの構成例]

TOP_DIRECTORY/
TOP_DIRECTORY/TRACEINFO
TOP_DIRECTORY/traces
TOP_DIRECTORY/traces/FLJ/
TOP_DIRECTORY/traces/FLJ/FLJA1U0001.scf
TOP_DIRECTORY/traces/FLJ/FLJA1U0002.scf
TOP_DIRECTORY/traces/FLJ/FLJA1U0003.scf

メタデータファイルは XML かタブ区切りテキストファイル形式にします。 STRATEGY と TRACE_TYPE_CODE の組み合わせで必須になるメタデータ項目一覧は Validation Table をご覧ください。どちらの形式のメタデータでも最初に共通項目のセクションを含めることができます。 このセクションには各 trace に共通する項目を記載します。
以下は TRACEINFO メタデータファイルの例です。

TRACEINFO xml ファイルの例

<?xml version="1.0"?>
<trace_volume>
   <common_fields>
      <center_name>CENTER NAME ACRONYM IS HERE</center_name>
      <center_project>FLJ</center_project>
      <source_type>N</source_type>
      <species_code>HOMO SAPIENS</species_code>
      <strategy>EST</strategy>
      <submission_type>NEW</submission_type>
      <trace_format>SCF</trace_format>
      <trace_type_code>EST</trace_type_code>
   </common_fields>
   <trace>
      <trace_name>F-3NB691000020</trace_name>
      <trace_file>./traces/F-3NB691000020.scf</trace_file>
      <clone_id>3NB691000020</clone_id>
      <library_id>3NB691</library_id>
      <template_id>3NB691000020</template_id>
   </trace>
   <trace>
      <trace_name>F-3NB691000033</trace_name>
      <trace_file>./traces/F-3NB691000033.scf</trace_file>
      <clone_id>3NB691000033</clone_id>
      <library_id>3NB691</library_id>
      <template_id>3NB691000033</template_id>
   </trace>
     --- more information ---
</trace_volume>

TRACEINFO タブ区切りテキストファイルの例

center_name = CENTER NAME ACRONYM IS HERE
center_project = FLJ
source_type = N
species_code = HOMO SAPIENS
strategy = EST
submission_type = NEW
trace_format = SCF
trace_type_code = EST
trace_name	clone_id	library_id	template_id	trace_file
F-3NB691000020	3NB691000020	3NB691	3NB691000020	./traces/F-3NB691000020.scf
F-3NB691000033	3NB691000033	3NB691	3NB691000033	./traces/F-3NB691000033.scf
		               --- more information ---			

登録用ファイルのアップロード*

DTA チームが登録用のディレクトリを準備するので DTA チームまでご連絡くださいDRA データ登録マニュアルの第3章に従いファイルを SCP で転送します。

登録ディレクトリの例

submission/submitter_id/dta/dta_submitter_id-0001
注意: DTA の登録用ディレクトリは DDBJ Sequence Read Archive とは別になります。

登録の完了*

登録の完了後,登録者が公開を指示するまで DTA はデータを非公開にします。 データ公開の指示があれば DTA は NCBI Trace Archive にデータをアップロードします。データが NCBI Trace Archive にロードされると TI 番号が発行されデータは公開されます。

TI 番号の発行とデータ公開は同時になるので注意してください。

データを更新するときは DTA チームまでご連絡ください