DRA への登録

下記マニュアルを統合した DRA Handbook を公開いたしました (2014年3月27日)

D-way 登録アカウントマニュアル
DRA/BioProject/BioSample データ登録マニュアル
データ登録の動画マニュアル

概要*

DRA へデータを登録するためには,メタデータとランデータが必要です。詳細な手順は DRA データ登録マニュアル動画マニュアルを参照してください。

登録データを公開する予定日を指定し,論文が公表されるまでデータを非公開にすることができます。公開予定日は最長2年後まで設定でき,変更することができます。データは公開原則に従って公開されます。

重要: Human subject data
DRA は 独立行政法人科学技術振興機構 (JST)/バイオサイエンスデータベースセンター (NBDC) で承認された匿名化されたデータだけを受け付けています。 登録者は JST/NBDC に DRA へのデータ提供を申請し,NBDC からデータ提供の承認連絡を受けた登録者は DRA に連絡します。 DRA チームはその連絡を受け,登録者に登録手順を別途案内します。
特許に関連するデータの登録
登録するデータが特許に関連する場合は,「特許に関連する塩基配列の登録に関する注意,データの優先権」の内容を必ずご確認ください。

解析後の配列データは DDBJ へ登録します。DDBJ Mass Submission System (MSS) が,次世代シークエンサから生み出されるゲノムや大量データの登録受付先になります。

DDBJ への登録
DDBJ への登録の流れ

配列データの解析には DDBJ Read Annotation Pipeline やバクテリアゲノムを自動的にアノテーションする MiGAP を利用することができます。

DDBJ へのゲノムデータの登録
DDBJ へのゲノムデータの登録

登録アカウントの取得*

データを登録するためには,データ登録システムのアカウントが必要です。アカウントの作成は研究室やグループの責任者自身, もしくはその許可のもと行ってください。 登録アカウントマニュアルに従い,ウェブ上でアカウントを取得してください。 発行されたアカウントはユーザの責任の下で厳重に管理してください。登録者はアカウントにログイン後,登録の作成,更新や登録履歴の閲覧をすることができます。 アカウント作成と同時に,DRA データ受付サーバ上に登録者専用ディレクトリが作成されるので,ランデータファイルはこのディレクトリに転送します。

DRA にデータを登録するためにはウェブから取得したアカウントに Center Name と公開鍵を登録する必要があります。

データの登録や更新は,必ず研究室やグループの責任者自身,もしくは,その許可のもと行ってください。

メタデータの作成*

登録アカウントにログイン後, ウェブベースのツールでメタデータを作成,チェックした後,投稿します。メタデータの作成方法は MetaDefine マニュアルデータ登録の動画をご覧ください。オブジェクトが多件数の場合など, ツールでメタデータを作成するのが困難な場合, XML ファイルを直接アップロードすることも可能です。

MetaDefine の公開版を使用できます (公開版では XML ファイルは作成できますが,データの登録はできません)。

ランデータファイルのアップロード*

メタデータを投稿した後,ランデータファイルを DRA データ受付サーバにアップロードします。詳しい転送方法は DRA データ登録マニュアル やデータ転送の動画 (Windows Mac) をご覧ください。

登録システムにログイン後,登録詳細画面で Validate data files ボタンをクリックし,アップロードされたファイルを validate してください。 Validation ではランデータのフォーマット,ランデータとメタデータ間での整合性がチェックされます。 エラーが発生した場合は validation を停止した後,メタデータを修正するかランデータファイルを再アップロードしてください。

登録の完了*

送付されたデータは DRA で査定された後,プレフィックス DR (Submission (DRA),Study (DRP),Experiment (DRX),Sample (DRS),Run (DRR),Analysis (DRZ)) のアクセッション番号が発行されます。 登録の進行状況やアクセッション番号は登録システムにログイン後,確認できます。

データ公開*

DRA では以下の場合にデータを公開しています。

  1. 登録者から公開依頼の連絡を受けた場合
  2. 登録者がアクセッション番号を公表した事を確認した場合。
    登録者以外の第三者が過失により他人のアクセッション番号を論文や学会等で公表した場合などは該当しません。
    公表とは,アクセッション番号を不特定多数の対象に知らせる行為 (学術論文,学会,インターネット,報道機関などを媒体とした発表) を指します。
  3. 公開予定日が到来した場合
  4. DRA Run (DRR) アクセッション番号が引用されている DDBJ/EMBL-Bank/GenBank レコード (TSA,WGS, CON など) が公開された場合

B, C または D の場合は登録者の了解がなくても例外なく公開します。

データが公開されると,数日間のうちに DRASearch で検索可能になり NCBI SRA にミラーリングされます。

オブジェクトは Submission 単位で公開されます。オブジェクトを異なる時期に公開したい場合は,Submission を分けて登録してください。

データの更新*

公開予定日の変更

公開予定日は最長2年後まで指定でき登録システムで変更することができます。

メタデータの更新

登録が完了したメタデータを更新することができます。登録システムにログインし,直接メタデータを編集してください。

以下の場合は登録システムでは更新ができないので DRA チームまでご連絡ください 。

  • Run に登録されているデータファイルを変更する場合
  • メタデータ作成ツールでブロックされているフィールドを更新する場合
  • オブジェクトの追加や削除をする場合