DDBJ (DNA Data Bank of Japan)
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  1. 概要
  2. D-way アカウントの取得
  3. メタデータの作成
  4. ランデータファイルのアップロード
  5. 登録の完了
  6. データの更新

1. 概要

DRA へデータを登録するためには,メタデータとランデータが必要です。 詳細な手順は DRA データ登録マニュアル動画マニュアル 1. 必要なデータ を参照してください。
登録データを公開する予定日を指定できるので,論文が公表されるまでデータを非公開にすることができます。 公開予定日は最長2年後まで設定でき,変更することが可能です。データは 公開原則 に従って公開されます。

重要: Human subject data
ヒトを対象とした全ての研究では,DRA に送付されたメタデータやファイルにおいて,適用される法律,規定や所属する組織の方針に従い,登録者の責任で参加者のプライバシーが保護されている必要があります。 個人を直接特定できるような情報を,登録データから完全に取り除いてください。 データ元となる個人との間でゲノム情報が公開されることについてのインフォームドコンセントが得られている必要があります。 DRA ではこのように適切に処置されたデータを受け付けています。

関連する解析後の配列データは DDBJ へ登録します。 DDBJ 大量登録システム(MSS) が,次世代シークエンサから生み出されるゲノムや大量データの受付先になります。


配列データの解析には DDBJ Read Annotation Pipeline を利用することができます。 その他にも,ライフサイエンス統合データベースセンターの MiGAP はバクテリアゲノムを自動的にアノテーションします。

2. D-way アカウントの取得

データを登録するためには,DDBJ データ受付システム D-way のアカウントが必要です。 アカウントの申請は研究室やグループの責任者が行ってください。 D-way 登録アカウントマニュアルに従い,申請に必要な情報と公開鍵をメールで送付し,申請してください。 鍵ペアの作成は » 動画マニュアル 4. 鍵ペアの作成 (Windows  Mac) をご覧ください。 発行されたアカウントはユーザの責任の下で厳重に管理してください。 登録者は D-way にログイン後,登録の作成,更新や登録履歴の閲覧をすることができます。 アカウント作成と同時に,DRA データ受付サーバ上に登録者専用ディレクトリが作成されるので,ランデータファイルはこのディレクトリに転送します。
BioProject 登録用にウェブから取得したアカウントからは DRA に登録できません。上記の手続きに従い,アカウントへの DRA 登録権限付与を依頼してください。

データの登録や更新は,必ず研究室やグループの責任者自身,もしくは,その許可のもと行ってください。

3. メタデータの投稿

D-way にログイン後、ウェブベースのツール MetaDefine によりメタデータを作成,チェックした後,投稿します。 詳しい使い方は MetaDefine マニュアルデータ登録の動画 をご覧ください。
MetaDefine の公開版 を使用できます (公開版では XML ファイルは作成できますが,データの登録はできません)。

4. ランデータファイルのアップロード

メタデータを投稿した後,ランデータファイルを DRA データ受付サーバにアップロードします。詳しい転送方法は DRA データ登録マニュアル やデータ転送の動画 (Windows Mac) をご覧ください。
また,ファイルを含むハードディスクドライブ(HDD)の送付も受け付けています。返送先が記載された着払いの伝票を同封してください (送料は登録者負担となります)。 送付の際にはハードディスクのファイルシステムをお知らせください。登録終了後,HDD は登録者に返却されます。

宛先:
〒411-8540 静岡県三島市谷田1111 国立遺伝学研究所 DDBJ DRA

5. 登録の完了

送付されたデータは DRA で査定された後,プレフィックス DR のアクセッション番号が発行されます。 登録の進行状況やアクセッション番号は D-way にログイン後,確認できます。 指定された公開予定日になるとデータが公開され,数日間のうちに DRASearch で検索可能になり NCBI SRA にミラーリングされます。 公開予定日は最長2年後まで指定でき D-way で変更することが可能です。 不明な点については

6. データの更新

登録が完了したメタデータを更新することができます。D-way にログインし,直接メタデータを編集してください。
以下の場合は D-way では更新ができないので

  • Run に登録されているデータファイルを変更する場合
  • MetaDefine でブロックされているフィールドを更新する場合
  • オブジェクトの追加や削除をする場合