よくある質問

FAQ: 11 件

メタデータの登録*

シークエンスしたゲノム配列それぞれに BioProject/BioSample が必要ですか?

一つの研究計画で複数のゲノム配列を決定した場合,これらのゲノム配列は一つの BioProject に紐づけることができますが,配列が取得されたサンプルは別々の BioSample として登録します。

一つのメタゲノムサンプルから複数のゲノム配列を高い精度で構築したメタゲノムアセンブリの場合,一つの BioProject を登録し,再構成したゲノムアセンブリに対応するサンプルを BioSample として必要数登録します。 ゲノムにアノテーションを付与する場合は,それぞれのゲノム/BioSample に対応する locus tag prefix の取得を DDBJ BioSample チームに依頼します。

作成日: 2015年2月12日; 最終更新日: 2016年12月13日

BioSample,DRA Experiment,DRA Run とデータファイルとの間の関係は?

BioSample はデータベースに登録する実験データを得るために使われた生物学的な試料やサンプルに対して作成します。Biological/Technical replicate は異なる BioSample として登録し,サンプル属性 replicate に "biological replicate 1","biological replicate 2" のように記載して replicate であることを表現します。

DRA のデータファイルは一つの BioSample にしかリンクできないことに注意してください。

Experiment は特定のサンプルに由来するシークエンス用ライブラリーです。 データについて一般に公開される情報の多くが Experiment に記載されます。

Run は特定のシークエンス用ライブラリー (Experiment) にリンクすべきデータファイルを単にまとめるオブジェクトで,データについての内容説明はあまり含まれていません。 Run にリストされたすべてのデータファイルはアーカイブ用の SRA ファイル (配布用の fastq ファイル) にマージされることに注意してください。 ですので,異なるサンプルに由来するファイルは同じ Run に含めるべきではありません。一方,ペアードのデータファイルは同じ Run に含め,ペアードリードが正しくペアとして処理されるようにします。ペアライブラリー毎に,例えば Forward と Reverse で,サンプルを分割しないでください。

作成日: 2014年6月4日; 最終更新日: 2017年1月4日

BioProject/BioSample 番号の DRA 登録での指定方法は?

BioProject と BioSample の投稿を始めると,それぞれに対して一時的なトラッキング用 ID である PSUB/SSUB 番号が割り振られますが,これらは正式なアクセッション番号ではありません。

BioProject の登録が完了すると PRJDB で始まるアクセッション番号が,BioSample の登録が完了すると,それぞれのサンプルに対して SAMD で始まるアクセッション番号が発行されます。

DRA 登録の過程では,PSUB もしくは PRJDB 番号で BioProject を,そして SSUB + sample name もしくは SAMD 番号で BioSample を指定します。 DRA のデータファイルは一つの BioSample にしかリンクされないことに注意してください。

共同研究でサンプル調整とシークエンシングが別の組織で行われた場合など,他の登録アカウントで取得された BioProject と BioSample ID を DRA から参照することができます。アカウントをまたがった参照を希望する場合は DRA チームまでご連絡ください。アカウントをまたがる場合は BioProject,BioSample と DRA 間での連動公開にご注意ください。

作成日: 2014年6月4日; 最終更新日: 2016年12月13日

塩基配列登録にはいくつのサンプルが必要ですか?

BioSample はデータベースに登録する実験データを得るために使われた生物学的な試料やサンプルに対するレコードです。 Biological/Technical replicate は BioSample で "replicate" というユーザ定義の属性を使い "replicate = biological replicate 1" のようにしてサンプルを区別します。

それぞれに採取された,物理的に異なる環境サンプルはユニークな BioSample になりますが,サンプルに含まれる配列によって由来が区別されたリードは BioSample に該当しません。 DRA のデータファイルは一つの BioSample にしかリンクできないことに注意してください。

基本的な考え方:
  • それぞれのユニークな source に対して別々の BioSample を登録します。例えば,羽から調整した RNA と肢から調整した RNA は,両者が別々にシークエンスされている場合,別個の BioSample になります。
  • ゲノムアセンブリは一つの BioSample のみ持つことができます。複数の BioSample に由来するリードをアセンブルして得られたゲノム配列の場合,アセンブルのために他の BioSample が使われたことを示す1つの BioSample を新しく登録します。
    例えば,オスとメスに由来するリードをそれぞれ DRA に登録したが,両者のリードを用いてゲノムをアセンブルした場合,オスとメスに対する一つの BioSample を新しく登録し,オスとメスそれぞれに対する BioSample アクセッション番号を引用して,両 BioSample の混合サンプルであることを明示します。そのようなゲノム登録の例
  • 内部共生体 (endosymbiont) の場合: ゲノム単位で BioSample を登録する必要があるため,例えば昆虫と内部共生体の両方のゲノムを登録する場合,それぞれの BioSample が必要になります。
サンプルの登録例:
  • 海水中のある採取地点から得られた 23,000 本のユニークな 16S 増幅配列 - 1 BioSample (1サンプルが採取され,16S の多様性が解析された)
  • 同じ薬物で処理された三匹の「同一」なトランスジェニックマウス - 3 BioSamples (Biological/Technical replicate は BioSample で区別)
  • 遺伝子発現レベルの経時的な変化を解析するために,ウイルスに感染させた CHO 細胞を 0,2,4,8 時間後にサンプリング - 4 BioSamples (4 time points)
  • 発現している遺伝子の差異を組織毎に調べるため,オスのアリクイ一個体から採取した脳,心臓,肺,精巣,肝臓 - 5 BioSamples (5つの異なる組織)
作成日: 2014年6月4日; 最終更新日: 2016年12月13日

アクセッション番号*

論文中で BioProject アクセッション番号を引用すべきですか?

通常は「データ登録」に対するアクセッション番号,例えば DDBJ,WGS,DRA アクセッション番号,を引用するのが適切です。 もし,個別の BioSample を参照する必要がある場合は,次のように記載してください。"BioSample metadata are available in the DDBJ BioSample database (http://trace.ddbj.nig.ac.jp/biosample/index_e.html) under accession number SAMDxxxxxxxx"

作成日: 2015年10月13日

更新*

BioSample を更新するには?

現在のところ,プロジェクトの更新や削除は BioSample チームに連絡する必要があります。BioSample が更新されても,D-way の Overview 画面は更新されないことにご注意ください。Overview 画面は初回投稿時の内容を表示しており,BioSample データベースになされた変更を反映しません。

作成日: 2015年10月13日

論文情報を追加するには?

DDBJ 塩基配列データ

登録データの修正・更新の当該項目を参照の上,登録データの修正・更新申し込みの「論文が公開されました」から担当者に連絡します。配列エントリのフラットファイルに論文情報が記載されます。

DRA

DRA 番号を引用している論文情報は参照している BioProject に追加します。BioProject チームに論文情報の追加を依頼します。

BioProject

BioProject に論文情報の追加を依頼します。基本的に BioProject 番号の論文中での引用は推奨していません

BioSample

BioSample に登録したサンプルから得られた実験データが DDBJ 塩基配列データベースや DRA に登録されている場合,各データベース毎に記載した手順に従って論文情報を更新・追加します。

サンプルの単離や生育条件の詳細を記載している論文は isol_growth_condt に, ゲノム配列を報告した論文は ref_biomaterial に pubmed ID などを記載します。

上記以外の論文情報を BioSample に追加したい場合は BioSample チームに連絡してください

作成日: 2013年10月8日; 最終更新日: 2016年9月5日

サンプル属性*

必須のサンプル属性に対する値がない場合は?

値がない場合の記載方法をご覧ください。
作成日: 2014年9月2日; 最終更新日: 2015年10月28日

env_biome,env_feature,env_material の違いは?

これら三つのサンプル属性では生息している生物に影響する環境について記述します。

env_biome

Environment Ontology (ENVO) で biome [ENVO_00000428] クラスは environmental system のサブクラスです。 env_biome はそこに生息する生物群が進化的に適応してきた環境のことです。 そのため,そこに適応した生物群が存在するかどうかで env_biome の境界がある程度定義されます。 生息する生物群が進化的に適応することができる程度に env_biome は安定している必要があります。 ENVO では tundra biome [ENVO_01000180] と coniferous forest biome [ENVO_01000196] が biome に属しています。 今のところ ENVO では biome クラスに対して空間的,時間的な尺度は設定されていません。

env_feature

biome は生態学的な環境を記述する際には有用ですが,周辺の空間へ強い影響を及ぼしている実体を環境として言及したい場合があります。 例えば、サンゴ礁という環境は coral reef [ENVO_00000150] の存在とその周辺への影響によって決定づけられます。

同様に,ヒト腸内環境は腸によって決定されます。 サンゴ礁やヒトの腸がなくなると,関連する環境は存続し得なくなります。 このような environmental system は (biome のように) 適応した特定の生物群や集団ではなく,環境を決定する核となる 'feature' に結び付けられます。 ある environmental system を構成する中心となるような実体は ENVO でトップレベルの environmental feature [ENVO_00002297] で表現されます。 例えば,environmental feature である seamount [ENVO_00000264] は海山の存在によって構成され,特徴が決定づけられる環境のことです。

env_material

数を数えることができる実体を定義する上記二つのクラスとは異なり, environmental material [ENVO_00010483] クラスは質量,体積,環境に含まれる媒体の他の部分を表します。 environmental material は単なる物質の集まり (例: ケイ酸粒子の集まり) ではなく,より複雑で変化に富んだ組成を持つものとして理解されています。 例えば,environmental material である soil [ENVO_00001998] は微細な岩石,砂粒子,粘土,沈泥,動植物,カビ,微生物の群れ,有機物,気泡を含んでいます。

作成日: 2014年7月24日; 最終更新日: 2014年11月19日

データの公開*

BioProject/BioSample/塩基配列データの連動公開の仕組みは?

相互にリンクされている BioProjectBioSampleDDBJDRA に登録された塩基配列データの連動公開の仕組みは以下のようになっています。

  • BioProject の公開はリンクされているデータの連動公開を引き起こしません。
  • BioSample の公開はリンクされている BioProject の連動公開を引き起こしますが,塩基配列データの連動公開を引き起こしません。
  • DDBJ と DRA の塩基配列データはリンクしている BioProject と BioSample の連動公開を引き起こします。

DRA ではメタデータとシークエンスデータは DRA 登録 (submission) 単位で公開されます。

BioProject/BioSample/塩基配列データの連動公開
BioProject/BioSample/塩基配列データの連動公開

DRA Handbook: DRA のデータ公開
BioProject Handbook: BioProject のデータ公開
BioSample Handbook: BioSample のデータ公開

作成日: 2014年12月15日; 最終更新日: 2017年2月16日

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作成日: 2017年8月25日