DDBJ BioProject Handbook

    BioProject

    概要

    目的

    新しいシークエンシング技術が登場し,大量のデータが日々生み出されるようになっています。 これに伴い,大型の共同研究プロジェクトが増え,多くのグループが様々なデータを複数のデータベースに登録するようになっています。 BioProject は研究プロジェクトと INSDC が運営するデータベースに存在するデータを管理します。 BioProject によりプロジェクトの種類や特徴といった項目でデータベースを横断してデータを検索することができるようになります。

    BioSample と他の DDBJ データベースとの連携
    BioProject/BioSample と他の DDBJ データベースとの連携

    プロジェクト

    "Project" は複雑なプロジェクトや異なる特徴を持ったサブプロジェクトを表現できるよう,柔軟に定義されています。

    例えば,以下のような研究に対して BioProject を作成することができます:

    • ゲノムシークエンシングとアセンブリ
    • メタゲノム
    • 転写産物シークエンシングと遺伝子発現
    • ターゲットローカスのシークエンシング
    • 遺伝学的もしくは RH マッピング
    • エピジェネティックス
    • 表現型と遺伝型
    • 変異の検出

    BioProject は同じプロジェクトに由来するデータ,それからまとめて提供したいデータに対して作成します。 大型プロジェクトから産出されるデータの種類ごとにサブプロジェクトをつくることもできます。

    複合プロジェクト

    Project Data Type を複数選択 (例: Genome Sequencing と Transcriptome or Gene Expression) することで,ゲノムシークエンシングと遺伝子発現解析といった異なる研究を一つのプロジェクトにまとめることができます。

    複数の生物種を対象としたプロジェクトの場合,Organism name には共通する階層までの生物分類 (例,属レベルまで) を記入します。

    Sample scopeMaterialCapture で該当するものがない場合は "Other" を選択します。

    Publication には複数の文献情報を記載することができます。

    プライマリープロジェクトとアンブレラプロジェクト

    プロジェクトにはプライマリープロジェクトとアンブレラプロジェクトの二種類があります。

    プライマリープロジェクト

    既に登録したデータ,または,これから登録しようとしているデータをまとめるために登録者が作成するプロジェクト。 関連するデータが公開されるまで非公開にすることができます。

    アンブレラプロジェクト

    関連性のあるプロジェクトを上位レベルでまとめるためのプロジェクト。アンブレラプロジェクトは特定のルールに従って自動的に作成されたり, データベーススタッフがユーザからのリクエストに基づいて作成したり,グループ化が必要なプロジェクトが同定された場合に作成されます。 非公開にすることはできません。

    アンブレラプロジェクトは大規模なプロジェクトや研究費の提供元が同一のプロジェクトといった関連するプロジェクトを上位レベルでまとめるために存在しています。 プライマリープロジェクトは登録されているデータにリンクされ,さらに1つ以上のアンブレラプロジェクトにリンクすることができます。 プライマリープロジェクト同士が直接リンクされることはなく,それらはアンブレラプロジェクトを介して間接的にリンクされます。

    配列データはアンブレラプロジェクトを直接参照することはできません。プライマリープロジェクトを介してアンブレラにリンクされます。

    階層構造

    アンブレラプロジェクトは研究費の提供元と協力してつくることができます。 例えば,最上位にコンソーシアム全体をまとめるアンブレラプロジェクト (例: "Genome Science Project") を作成し, その下にコンソーシアムを構成するサブプロジェクトに対するプライマリープロジェクト (例: reference genomes,rRNA sequencing,metagenomes など) を作成することができます。

    いくつかの大規模プロジェクトを1つ以上のアンブレラプロジェクトで表すことができます。 最上位レベルで共同研究プロジェクト全体を表し,二段目で産出されるデータの種類に対してアンブレラプロジェクトを作成,最後の三段目で実際に登録されるデータにリンクされるプライマリープロジェクトを作成する,といった構成です。

    階層構造の模式図。(A)二階層 (B)三階層
    階層構造の模式図。(A)二階層 (B)三階層
    二階層 (A)

    コンソーシアムは1つのアンブレラプロジェクトとデータにリンクされた1つ以上のプライマリープロジェクトから構成されます。例: Neanderthal Metagenome

    三階層 (B)

    いくつかのサブプロジェクトを持つ巨大プロジェクトは二階層のアンブレラプロジェクトで構成することができます。 最上位のアンブレラプロジェクトでコンソーシアム全体を表し, 中位レベルのアンブレラプロジェクトでプロジェクトのコンポーネントを表し, 最下段の複数のプライマリープロジェクトで異なるプロジェクトのデータタイプを表す場合などです。 例: NIH Human Microbiome Project (HMP) Roadmap Project

    データ公開

    プライマリープロジェクトとデータレコードの公開の仕組み
    プライマリープロジェクトとデータレコードの公開の仕組み

    DDBJ BioProject に登録されたプライマリープロジェクトは「即日公開」もしくは「非公開」にすることができます。

    「非公開」の場合,登録されたプライマリープロジェクトはリンクされている DDBJ,DRA,DTA,DOR レコードが公開されるまで非公開に保たれます。 プロジェクトデータの公開予定日を設定することはできません。 プライマリープロジェクトはリンクされている DDBJ レコードが公開されると自動的に公開されます。 一方,プライマリープロジェクトの公開はリンクされている DDBJ レコードの公開を引き起こしません 。 あるプライマリープロジェクトにおいて,リンクされているレコードの公開は同一プロジェクトに属している他のレコードの公開を引き起こしません。 DDBJ レコードの公開はリンクしているプロジェクトの公開とは独立しています。

    FAQ: BioProject/BioSample/塩基配列データの連動公開の仕組みは?

    アンブレラプロジェクトとプライマリープロジェクト間の関係の可視性
    アンブレラプロジェクトとプライマリープロジェクト間の関係の可視性

    アンブレラプロジェクトは非公開にすることができません。
    アンブレラプロジェクトは公開されているプライマリープロジェクトと非公開のプロジェクトの両者を持つことができます。 第三者は公開されているアンブレラプロジェクトと非公開のプライマリープロジェクト間の関係を見ることはできません。

    公開されたプロジェクトデータは NCBIEBI の BioProject データベースと交換されます。

    アンブレラプロジェクトの活用

    アンブレラプロジェクトを使って関連するプライマリープロジェクトをまとめてください。 アンブレラを活用することでプロジェクトからの研究成果をまとめて表示することができます。

    アンブレラプロジェクトの例
    Neanderthal Metagenome
    Escherichia coli O104:H4

    アンブレラプロジェクトは通常のプライマリープロジェクトと同様登録アカウントシステムから登録します。 登録の際には必ず Private comments to DDBJ staff にこの登録がアンブレラであることを記入し DDBJ BioProject チームに伝えてください。 アンブレラプロジェクトを非公開にすることはできません。

    アンブレラ単位でプライマリープロジェクトをまとめる場合,次の手順で行ってください。
    まずはアンブレラを登録し,公開します。必要に応じて,登録者以外の関係者にもアンブレラに付与された PRJDB 番号を周知してください。

    以降,関連するプライマリープロジェクトを登録する際には Linked Project に親となるアンブレラの PRJDB 番号を記入してください。 登録したプライマリープロジェクトが公開されると,自動的に指定したアンブレラに関連付けられます。

    過去に登録したプライマリープロジェクトをアンブレラの傘下に追加したい場合は,アンブレラと追加したいプライマリープロジェクトの PRJDB 番号を DDBJ BioProject にお知らせください

    公開されているアンブレラに関連付けたことによって非公開のプライマリープロジェクトが公開されることはありません。

    メタデータ

    必須*
    条件によって必須*

    Submitter

    Submitter

    登録者情報。登録に関する連絡はここに記載された E-mail アドレス宛てに行われます。 必要な人数分作成します。 連絡先情報は DDBJ BioProject スタッフが登録者に連絡するために使われ,一般に公開されることはありません。 連絡先情報の代わりに研究者の所属する組織に関する情報が公開されます。

    First name
    登録者の first name。
    Last name*
    登録者の last name。
    E-mail*
    E-mail アドレス。所属する組織ドメインのメールアドレスを指定してください。

    Organization

    コンタクトパーソンが所属する組織。

    Submitting organization*
    組織のフルネーム。
    Submitting organization URL
    登録者が所属する組織の URL。

    Data Release

    "Hold" か "Release" のどちらかを選びます。公開予定日を指定することはできません。データ公開の仕組みについてはプロジェクトの公開をご覧ください。

    Hold
    この BioProject ID を引用している DDBJ,DRA,DTA,DOR レコードが公開されたときに同時に公開されます。
    Release
    プロジェクトデータを即日公開する。この BioProject ID を引用している非公開の DDBJ レコードが公開されることはありません。

    General info

    Project Description

    プロジェクト内容を記述します。

    Project title*
    プロジェクトの内容を表す短いタイトル。このタイトルは公開されたプロジェクトのタイトルとして使われます。例: Chromosome Y sequencing,Global studies of microbial diversity on human skin.
    Description*
    研究対象やゴールに関する記載。第三者がデータを解釈することができるように十分な量 (100 文字以上) の情報を記入します。
    Private comments to DDBJ staff
    データベーススタッフへの質問,プロジェクトに関する追加情報を記入します。内容は公開されません。アンブレラプロジェクトを登録する場合,ここにその旨を記載します。
    Relevance
    最も関連性が高い分野を選択します。
    RelevanceDescription
    Agricultural
    Medical
    Industrialバイオレメディエーション,バイオ燃料といった大量生産を意図している研究分野
    Environmental
    Evolution
    ModelOrganism
    Other選択肢にない研究分野。"Relevance description" に研究分野を記入します。
    Relevance description*
    Other を選択したときはここに Relevance を記入します。

    Umbrella BioProject

    登録しようとしているプロジェクトが既に登録されているアンブレラプロジェクトに属する場合,そのアンブレラプロジェクトのアクセッション番号と概要を記入します。この情報はプロジェクトのリンクのために必要です。

    Initiative description*
    アンブレラプロジェクトについての記述。
    Umbrella BioProject accession*
    登録されているアンブレラプロジェクトのアクセッション番号。

    プロジェクトに直接関連するリソースの URL とそれに付ける表示名。

    Link description
    プロジェクトに関連するウェブサイトの表示名。
    URL
    プロジェクトに関連するウェブサイトの URL。

    Grants

    プロジェクトの研究費に関する情報。

    Agency
    研究費助成機関の名前。例: Japan Society for the Promotion of Science。
    Agency abbreviation
    研究助成機関の名前の略称。例: JSPS。
    Grant ID
    研究費の番号 (関連文献で引用される研究費番号)。研究費番号での検索をサポートします。例: JSPS KAKENHI Grant Number 12345678
    Grant title
    研究費のタイトル。研究費のタイトルでの検索をサポートします。

    Consortium

    Consortium name
    研究がコンソーシアムの一環として行われた場合,そのコンソーシアム名を記入します。
    Consortium URL
    コンソーシアムのウェブサイトがある場合そのサイトの URL を記入します。

    Project type

    Project data type

    Project data type*

    Project の分類。以下の選択肢から該当する type を選びます。複数選択することができます。News: Project data type を複数選択できるようになりました

    NCBI ではプロジェクトにリンクしている実験データから独自に Project data type を割り振っています。また,EBI では Project data type を使用していません。

    Project Data typeDescription
    Genome Sequencing全ゲノムや部分ゲノム塩基配列決定プロジェクト (ゲノムアセンブリの有無は問わない)
    Clone Endsクローンエンド塩基配列決定プロジェクト
    Epigenomicsメチル化, ヒストン修飾, クロマチン構造に関するデータセット
    Exomeエクソームリシークエンシングプロジェクト
    Map塩基配列ではないマップデータをもたらすプロジェクト (genetic map, radiation hybrid map, cytogenetic map, optical map など)
    Metagenome環境サンプルの配列解析
    Phenotype and Genotype表現型と遺伝子型の相関を解析するプロジェクト
    Proteome マススペクトロメトリー解析を含む大規模プロテオミクス実験
    Random Surveyランダムに収集した (対象の包括的なサンプリングを目的としていない) サンプルから得られた配列
    Targeted Locus (Loci)特定の遺伝子座 (16S rRNA など) の塩基配列決定プロジェクト
    Transcriptome or Gene ExpressioncDNA, EST, RNA-seq, マイクロアレイ実験を含む大規模 RNA 塩基配列決定や発現解析
    Variation集団間に存在する大小の変異を同定することを目的としたプロジェクト
    Other”Project data type description” に Project Data Type を記入します。
    Project data type description*
    Other を選択したときは Project data type をここに記入します。

    Sample scope/Material/Capture/Methodology

    Sample scope*
    研究で使われた生物学的サンプルの対象を選択肢から選びます。
    Sample scopeDescription
    Monoisolate単一の動物,培養細胞のセルライン,育種された均一な集団
    Multiisolate複数の個人や集団 (特定の種)
    Multi-speciesサンプルが複数の種を含んでいる
    Environmentサンプルに含まれる種が不明
    Synthetic人工的に合成されたサンプル
    Other"Target description" に Sample scope を記入します。
    Material*
    サンプルから単離された実験材料の種類。
    MaterialDescription
    Genome全ゲノム。核ゲノムが対象のときに使います。DNA やメタゲノムサンプルに対して用います。
    Partial Genome精製された1つ以上の染色体やレプリコン
    Transcriptome転写産物解析データ
    Reagent化学反応や沈降反応によって得られた実験材料
    Proteomeタンパク質やペプチドのデータ
    Phenotype表現型解析
    Other"Target description" に Material を記入します。
    Capture*
    サンプル材料から得ようとしている情報のスケールや種類。 
    CaptureDescription
    Wholeサンプル全体を使っている (通常のケース)
    Clone Endsクローンエンドデータを使用
    Exomeエクソンのデータを使用
    Targeted Locus/Loci特定の遺伝子座 (遺伝子,ゲノム領域,バーコード領域) のデータ
    Random Surveyサンプルをラフにサーベイしたデータ
    Other"Target description" に Capture を記入します。
    Target description*
    Other を選択したときに Sample scope/Material/Capture を記入します。
    Methodology*
    データを得るために使われた主要な手法。
    MethodologyDescription
    SequencingSanger,454 や Illumina などを使ったシークエンシング
    Arrayハイブリダイゼーションアレイ
    Mass Spectroscopyマススペクトロメトリー
    Other"Methodogy description" に Methodology を記入します。
    Methodology description*
    Other を選択したときに Methodology type を記入します。

    Objective

    登録するデータの種類。

    Objective*
    登録するデータの種類。
    ObjectiveDescription
    Raw Sequence Readsシークエンサから出力された生シークエンシングデータ
    Sequence生データではない加工処理されたシークエンス (クリップされている,メイトペアが対になっている,向きが揃えられているなど)
    Analysis生物学的な意味を解釈するために解析されたデータ
    Assemblyアセンブリ (ゲノムやトランスクリプトーム) データ
    Annotationアノテーションを得るためのデータ
    Variation変異情報データ
    Epigenetic Markersエピジェネティックなマーカーの探索
    Expression遺伝子発現データ
    Maps細胞学的,物理的なマッピングや Rh マッピング
    Phenotype表現型
    Other"Objective description" に Objective を記載します。

    Locus tag prefix

    Locus tag prefix*

    [Project data type="Genome Sequencing" or "Metagenome"] AND [Capture="Whole"] AND [Objective="Sequence" or "Annotation" or "Assembly"] で Locus tag prefix 入力ボックスが現れます。 ゲノムをアセンブルするプロジェクトでは,アセンブリに対してユニークな locus tag prefix が必要です。WGS の登録のみで prefix を使用しない場合は入力欄を空にしてください。

    Locus tag prefix について

    Locus tag prefix のフォーマット
    Locus tag prefix には3文字以上の英数字のみを含めることができます。 先頭は英文字にします。数字は2文字目以降で使用できます (例: A1C)。 シンボル (-_*) を含めることはできません。 Locus tag prefix とタグの値はアンダースコア '_' で区切ります (例: A1C_00001)。

    DDBJ BioProject 独自に最大タグ長を12文字に制限しています。小文字は大文字に変換されて表示されますが,実際には locus tag は大文字・小文字の区別なく予約されます。

    Target

    Organism information

    対象生物の分類や記述。

    Organism name*

    Taxonomy データベースに登録されている生物名。メタゲノムや環境サンプルなどの生物名を特定できないサンプルについてはこちらのリストを参考にしてください。

    複数の生物種を対象としたプロジェクトの場合,共通する階層までの生物分類 (例 属レベルまで) を記入してください。

    Taxonomy データベース に該当する生物が登録されていない場合は,Novel organism を選択し Description of novel organism新規生物に関する参考情報,Organism Name に希望する生物名を記入します。

    Taxonomy ID
    NCBI Taxonomy ID
    Strain, breed, cultivar
    微生物の株名,もしくは真核生物の品種や栽培品種。この情報,もしくは "Isolate name or label" を提供してください。
    Isolate name or label
    単離されたサンプルのラベル名,もしくは個々の動物の名前 (例: Clint)。この情報,もしくは "Strain, breed, cultivar" を提供してください。
    Description
    Label に対する簡潔な補足情報。
    Description of novel organism
    Taxonomy データベース への生物登録を申請するための情報を記入します。

    Environmental sample information

    Target の Sample scope="Environment" のときに Organism information に替わって表示されます。

    Environmental sample name*
    メタゲノムや環境サンプルなどの生物名を特定できないサンプルについてはこちらのリストから該当するものを選択します。該当するものがない場合は,登録を希望する名前を記載し,サンプルの詳細をEnvironmental sample description に記載します。
    Environmental sample description
    サンプルの詳細を記載します。

    General Properties

    対象生物の一般的な性質。

    Cellularity
    選択肢から Cellularity を選びます。
    Cellularity
    Unicellular
    Multicellular
    Colonial
    Reproduction
    選択肢から Reproduction を選びます。
    Reproduction
    Sexual
    Asexual
    Haploid genome size
    Kb,Mb や cM で表したハプロイドゲノムのサイズ。
    Ploidy
    選択肢から Ploidy を選びます。
    Ploidy
    Haploid
    Diploid
    Polyploid
    Allopolyploid

    Organism Replicons

    対象となる生物が持っているレプリコンの数,その名前 (例: 1,2,3 や I,II,III),レプリコンの種類 (chromosome など) やレプリコンが存在する細胞内構造。

    Name
    標準的なレプリコン名。
    Type
    Replicon type を選択します。
    Replicon type
    Chromosome
    Plasmid
    Linkage Group
    Segment
    Other
    Location
    レプリコンが存在する細胞内の場所。例: 核,分化した細胞内器官。真核生物,バクテリアや古細菌の染色体の場合 "Nuclear or Prokaryote" を使用します。
    Location
    Nuclear or Prokaryote
    Macronuclear
    Nucleomorph
    Mitochondrion
    Kinetoplast
    Chloroplast
    Chromoplast
    Plastid
    Virion or Phage
    Proviral or Prophage
    Viroid
    Extrachrom
    Cyanelle
    Apicoplast
    Leucoplast
    Proplastid
    Hydrogenosome
    Chromatophore
    Other
    Size
    推定されるゲノムサイズとその単位。
    Description
    レプリコンの通常とは異なる特徴。

    Phenotype

    対象生物の表現型。

    Disease
    病気の名前を記入します。
    Biotic Relationship
    選択肢から BioticRelationship を選びます。
    BioticRelationship
    FreeLiving
    Commensal
    Symbiont
    Episymbiont
    Intracellular
    Parasite
    Host
    Endosymbiont
    Trophic Level
    選択肢から TrophicLevel を選びます。
    TrophicLevel
    Autotroph
    Heterotroph
    Mixotroph

    Prokaryote Morphology

    対象が原核生物の場合,形態について分かっている情報を記載してください。

    Shape
    該当する全てのオプションを選びます。
    ShapeDescription
    Bacillirod-shaped
    Coccispherical-shaped
    Spirillaspiral-shaped
    Coccobacillielongated coccal form
    Filamentousfilament-shaped (bacilli thar occur in long threads)
    Vibriosvibrio-shaped (short, slightly curved rods)
    Fusobacteriafusiform or spindle-shaped (rods with tapered ends)
    SquareShaped
    CurvedShaped
    Tailed
    Gram
    選択肢からグラム陽性か陰性から選びます。
    Gram
    Positive
    Negative
    Motility
    選択肢から Motility を選びます。
    Motility
    Yes
    No
    Enveloped
    対象生物の Envelope の有無を選択します。
    Enveloped
    Yes
    No
    Endospores
    対象生物が Endospores を形成するかどうかを選択します。
    Endospores
    Yes
    No

    Ecological Environment

    生息環境。好極限性に関して分かっていることがあれば追加情報として記載します。

    Habitat
    選択肢から Habitat を選択します。
    Habitat
    HostAssociated
    Aquatic
    Terrestrial
    Specialized
    Multiple
    Unknown
    Salinity
    選択肢から Salinity を選びます。
    Salinity
    NonHalophilic
    Mesophilic
    ModerateHalophilic
    ExtremeHalophilic
    Unknown
    Oxygen requirement
    酸素要求性を選択します。
    OxygenReq
    Aerobic
    Microaerophilic
    Facultative
    Anaerobic
    Unknown
    Temperature range
    生息温度での分類を選びます。
    TemperatureRange
    Cryophilic
    Psychrophilic
    Mesophilic
    Thermophilic
    Hyperthermophilic
    Unknown
    Optimum Temperature
    生息の最適温度を Celsius で記入します。

    Publication

    PubMed ID
    文献の PubMed ID(s)。
    <Publication id="15557739">
    	<DbType>ePubmed</DbType>
    </Publication>
    <ProjectReleaseDate> ...
    
    DOI
    PubMed ID がない場合は DOI を記入し,さらに文献に関する以下の情報を記入します。
    <Publication id="10.1093/nar/gku1120">
    	<DbType>eDOI</DbType>
    </Publication>
    <ProjectReleaseDate> ...
    
    Reference title*
    論文のタイトル。
    Journal title*
    雑誌のタイトル。
    Year*
    出版年。
    Volume*
    雑誌の巻。
    Issue*
    雑誌の号。
    Pages from*
    論文の開始ページ。
    Pages to*
    論文の終了ページ。
    First name*
    著者の first name。
    MI
    ミドルイニシャル。
    Last name*
    著者の last name。
    Suffix
    著者の称号。
    This publication has multiple authors
    この項目をチェックすると記入された著者名の後に "et al" が付加されます。

    XML スキーマ

    BioProject XML schema

    BioProject への登録

    ヒトを対象とした研究データの登録について
    ヒトを対象とした全ての研究において DDBJ に送付するデータの由来である個人 (被験者) の情報・プライバシーは,適用されるべき法律,規定,登録者が所属している機関の方針に従い,登録者の責任において保護されている必要があります。
    原則として,被験者を直接特定し得る参照情報は,登録データから取り除いてください。
    ヒトを対象とした研究データを登録する場合は「ヒトを対象とした研究データの登録について」をご覧ください。

    プロジェクトの登録

    プロジェクトの登録が必要な場合

    BioProject への登録は次のような場合は必須です。

    • Sequence Read Archive に登録する場合
    • DDBJ に微生物や真核生物のゲノムを登録する場合

    BioProject への登録は次のような場合に推奨しています。

    • 登録するデータの量が非常に大きい場合
    • 共同研究プロジェクトに参画している複数のメンバーがそれぞれのデータを登録する場合
    • データが複数のデータベースにまたがって登録される場合

    BioProject への登録は次のような場合は必須ではありません。必要に応じて登録します。

    • 単一のプラスミド,ウイルスやオルガネラゲノムのシークエンスといった1つ (もしくは少数の) アクセッション番号しかリンクされない場合

    INSDC はゲノムが登録される微生物に対して strain-level taxonomy ID を新規発行していません。 BioSample ID で区別されることになります。

    新規プロジェクトの登録

    アカウント Handbook に従いアカウントを取得します。

    D-way (https://trace.ddbj.nig.ac.jp/D-way) にログインします。ウェブサイトの上部にある "BioProject" メニューから BioProject 登録ページに移動します。 BioProject ページ内の [New submission] をクリックし,新規プロジェクト登録を作成します。

    BioProject の新規登録作成

    BioProject を新規登録する場合は左のタブから順番に内容を英語で入力していきます。 各項目の説明

    プロジェクトの入力

    ゲノムをアセンブルするプロジェクトでは,アセンブリに対してユニークな Locus tag prefix が必要です。

    [Project data type="Genome Sequencing" or "Metagenome"] AND [Capture="Whole"] AND [Objective="Sequence" or "Annotation" or "Assembly"] で Locus tag prefix 入力ボックスが現れます。

    プレフィックスには3文字以上の英数字のみを含めることができます。先頭は英文字にします。数字は2文字目以降で使用できます (例: A1C)。 シンボル (-_*) を含めることはできません。プレフィックスとタグの値はアンダースコア '_' で区切ります (例: A1C_00001)。

    WGS の登録のみで prefix を使用しない場合は入力欄を空にしてください。

    prefix は NCBI が一括管理しています。プロジェクトを投稿する段階で,NCBI に prefix を予約しにいきます。予約済みの場合はエラーになるので,再度希望する prefix を入力して投稿します。

    複数の prefix の取得を希望する場合は BioProject チームに連絡します

    Locus tag prefix の取得

    最後の "OVERVIEW" で内容を確認したうえで [Submit] をクリックして投稿します。

    BioProject の投稿

    "OVERVIEW" には初回投稿時の内容が表示され続けます。登録後の更新は反映されませんので,ご注意ください。

    アクセッション番号

    ウェブから投稿されたデータに対して PSUB で始まる仮 ID が自動的に割り当てられます。正式なアクセッション番号が発行されるまでは,この仮 ID で登録を参照します。 DDBJ BioProject スタッフはデータを査定した後,完成したデータに対してプレフィックス "PRJD" のアクセッション番号を発行します。 D-way にログイン後, ウェブ上で登録したプロジェクトの進行状況やアクセッション番号を確認することができます。

    • PSUB で始まる仮 ID を論文中に引用しないでください。
    • EBI/NCBI に登録したプロジェクトを DDBJ に重複して登録しないでください。

    アンブレラプロジェクトの登録

    アンブレラプロジェクトは通常のプライマリープロジェクトと同様 D-way から登録します。 登録の際には必ず Private comments to DDBJ staff にこの登録がアンブレラであることを記入し DDBJ BioProject チームに伝えてください。 アンブレラプロジェクトを非公開にすることはできません。

    アンブレラプロジェクトの登録

    アンブレラプロジェクトへのリンク

    プライマリープロジェクトを登録する際,Linked Project にリンクすべきアンブレラプロジェクトの概要とアクセッション番号を記入します。 BioProject スタッフは記入内容をみて,プロジェクトをアンブレラにリンクする作業を行います。

    アンブレラへのリンク

    プロジェクトの公開

    以下の選択肢があります:

    • 査定が終わった後すぐに公開
    • BioProject アクセッション番号を引用しているデータと同時に公開

    公開予定日は設定することができません。

    登録したプロジェクトは非公開にすることができます。 DDBJ レコードが公開されると,引用されている BioProject データは自動的に公開されます。この BioProject アクセッション番号を引用している非公開の DDBJ レコードが公開されることはありません。プロジェクの連動公開について

    公開された BioProject レコードは NCBIEBI BioProject データベースと交換されます。

    プロジェクトの更新

    登録が完了したデータを更新することができます。メッセージフォームよりご連絡ください。

    プロジェクトと配列データのリンク

    DRA にデータを登録する場合は、事前に登録した BioProject アクセッション番号を Study でリストから選択します。

    DDBJ にゲノム,TSA データ等を登録する場合は、アノテーションファイルの DBLINK 行に BioProject アクセッション番号を記入します。