プロジェクト情報

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必須*
条件によって必須*

Submitter

Submitter

登録者情報。登録に関する連絡はここに記載された E-mail アドレス宛てに行われます。 必要な人数分作成します。 連絡先情報は DDBJ BioProject スタッフが登録者に連絡するために使われ,一般に公開されることはありません。 連絡先情報の代わりに研究者の所属する組織に関する情報が公開されます。

First name
登録者の first name。
Last name*
登録者の last name。
E-mail*
E-mail アドレス。所属する組織ドメインのメールアドレスを指定してください。

Organization

コンタクトパーソンが所属する組織。

Submitting organization*
組織のフルネーム。
Submitting organization URL
登録者が所属する組織の URL。

Data Release

"Hold" か "Release" のどちらかを選びます。公開予定日を指定することはできません。データ公開の仕組みについてはプロジェクトの公開をご覧ください。

Hold
この BioProject ID を引用している DDBJ,DRA,DTA,DOR レコードが公開されたときに同時に公開されます。
Release
プロジェクトデータを即日公開する。この BioProject ID を引用している非公開の DDBJ レコードが公開されることはありません。

General info

Project Description

プロジェクト内容を記述します。

Project title*
プロジェクトの内容を表す短いタイトル。このタイトルは公開されたプロジェクトのタイトルとして使われます。例: Chromosome Y sequencing,Global studies of microbial diversity on human skin.
Description*
研究対象やゴールに関する記載。第三者がデータを解釈することができるように十分な量 (100 文字以上) の情報を記入します。
Private comments to DDBJ staff
データベーススタッフへの質問,プロジェクトに関する追加情報を記入します。内容は公開されません。アンブレラプロジェクトを登録する場合,ここにその旨を記載します。
Relevance
最も関連性が高い分野を選択します。
RelevanceDescription
Agricultural
Medical
Industrialバイオレメディエーション,バイオ燃料といった大量生産を意図している研究分野
Environmental
Evolution
ModelOrganism
Other選択肢にない研究分野。"Relevance description" に研究分野を記入します。
Relevance description*
Other を選択したときはここに Relevance を記入します。

Umbrella BioProject

登録しようとしているプロジェクトが既に登録されているアンブレラプロジェクトに属する場合,そのアンブレラプロジェクトのアクセッション番号と概要を記入します。この情報はプロジェクトのリンクのために必要です。

Initiative description*
アンブレラプロジェクトについての記述。
Umbrella BioProject accession*
登録されているアンブレラプロジェクトのアクセッション番号。

プロジェクトに直接関連するリソースの URL とそれに付ける表示名。

Link description
プロジェクトに関連するウェブサイトの表示名。
URL
プロジェクトに関連するウェブサイトの URL。

Grants

プロジェクトの研究費に関する情報。

Agency
研究費助成機関の名前。例: Japan Society for the Promotion of Science。
Agency abbreviation
研究助成機関の名前の略称。例: JSPS。
Grant ID
研究費の番号 (関連文献で引用される研究費番号)。研究費番号での検索をサポートします。例: JSPS KAKENHI Grant Number 12345678
Grant title
研究費のタイトル。研究費のタイトルでの検索をサポートします。

Consortium

Consortium name
研究がコンソーシアムの一環として行われた場合,そのコンソーシアム名を記入します。
Consortium URL
コンソーシアムのウェブサイトがある場合そのサイトの URL を記入します。

Project type

Project data type

Project data type*

Project の分類。以下の選択肢から該当する type を選びます。複数選択することができます。News: Project data type を複数選択できるようになりました

NCBI ではプロジェクトにリンクしている実験データから独自に Project data type を割り振っています。また,EBI では Project data type を使用していません。

Project Data typeDescription
Genome Sequencing全ゲノムや部分ゲノム塩基配列決定プロジェクト (ゲノムアセンブリの有無は問わない)
Clone Endsクローンエンド塩基配列決定プロジェクト
Epigenomicsメチル化, ヒストン修飾, クロマチン構造に関するデータセット
Exomeエクソームリシークエンシングプロジェクト
Map塩基配列ではないマップデータをもたらすプロジェクト (genetic map, radiation hybrid map, cytogenetic map, optical map など)
Metagenome環境サンプルの配列解析
Phenotype and Genotype表現型と遺伝子型の相関を解析するプロジェクト
Proteome マススペクトロメトリー解析を含む大規模プロテオミクス実験
Random Surveyランダムに収集した (対象の包括的なサンプリングを目的としていない) サンプルから得られた配列
Targeted Locus (Loci)特定の遺伝子座 (16S rRNA など) の塩基配列決定プロジェクト
Transcriptome or Gene ExpressioncDNA, EST, RNA-seq, マイクロアレイ実験を含む大規模 RNA 塩基配列決定や発現解析
Variation集団間に存在する大小の変異を同定することを目的としたプロジェクト
Other”Project data type description” に Project Data Type を記入します。
Project data type description*
Other を選択したときは Project data type をここに記入します。

Sample scope/Material/Capture/Methodology

Sample scope*
研究で使われた生物学的サンプルの対象を選択肢から選びます。
Sample scopeDescription
Monoisolate単一の動物,培養細胞のセルライン,育種された均一な集団
Multiisolate複数の個人や集団 (特定の種)
Multi-speciesサンプルが複数の種を含んでいる
Environmentサンプルに含まれる種が不明
Synthetic人工的に合成されたサンプル
Other"Target description" に Sample scope を記入します。
Material*
サンプルから単離された実験材料の種類。
MaterialDescription
Genome全ゲノム。核ゲノムが対象のときに使います。DNA やメタゲノムサンプルに対して用います。
Partial Genome精製された1つ以上の染色体やレプリコン
Transcriptome転写産物解析データ
Reagent化学反応や沈降反応によって得られた実験材料
Proteomeタンパク質やペプチドのデータ
Phenotype表現型解析
Other"Target description" に Material を記入します。
Capture*
サンプル材料から得ようとしている情報のスケールや種類。 
CaptureDescription
Wholeサンプル全体を使っている (通常のケース)
Clone Endsクローンエンドデータを使用
Exomeエクソンのデータを使用
Targeted Locus/Loci特定の遺伝子座 (遺伝子,ゲノム領域,バーコード領域) のデータ
Random Surveyサンプルをラフにサーベイしたデータ
Other"Target description" に Capture を記入します。
Target description*
Other を選択したときに Sample scope/Material/Capture を記入します。
Methodology*
データを得るために使われた主要な手法。
MethodologyDescription
SequencingSanger,454 や Illumina などを使ったシークエンシング
Arrayハイブリダイゼーションアレイ
Mass Spectroscopyマススペクトロメトリー
Other"Methodogy description" に Methodology を記入します。
Methodology description*
Other を選択したときに Methodology type を記入します。

Objective

登録するデータの種類。

Objective*
登録するデータの種類。
ObjectiveDescription
Raw Sequence Readsシークエンサから出力された生シークエンシングデータ
Sequence生データではない加工処理されたシークエンス (クリップされている,メイトペアが対になっている,向きが揃えられているなど)
Analysis生物学的な意味を解釈するために解析されたデータ
Assemblyアセンブリ (ゲノムやトランスクリプトーム) データ
Annotationアノテーションを得るためのデータ
Variation変異情報データ
Epigenetic Markersエピジェネティックなマーカーの探索
Expression遺伝子発現データ
Maps細胞学的,物理的なマッピングや Rh マッピング
Phenotype表現型
Other"Objective description" に Objective を記載します。

Locus tag prefix

Locus tag prefix*

[Project data type="Genome Sequencing" or "Metagenome"] AND [Capture="Whole"] AND [Objective="Sequence" or "Annotation" or "Assembly"] で Locus tag prefix 入力ボックスが現れます。 ゲノムをアセンブルするプロジェクトでは,アセンブリに対してユニークな locus tag prefix が必要です。WGS の登録のみで prefix を使用しない場合は入力欄を空にしてください。

Locus tag prefix について

Locus tag prefix のフォーマット
Locus tag prefix には3文字以上の英数字のみを含めることができます。 先頭は英文字にします。数字は2文字目以降で使用できます (例: A1C)。 シンボル (-_*) を含めることはできません。 Locus tag prefix とタグの値はアンダースコア '_' で区切ります (例: A1C_00001)。

DDBJ BioProject 独自に最大タグ長を12文字に制限しています。小文字は大文字に変換されて表示されますが,実際には locus tag は大文字・小文字の区別なく予約されます。

Target

Organism information

対象生物の分類や記述。

Organism name*

Taxonomy データベースに登録されている生物名。メタゲノムや環境サンプルなどの生物名を特定できないサンプルについてはこちらのリストを参考にしてください。

複数の生物種を対象としたプロジェクトの場合,共通する階層までの生物分類 (例 属レベルまで) を記入してください。

Taxonomy データベース に該当する生物が登録されていない場合は,Novel organism を選択し Description of novel organism新規生物に関する参考情報,Organism Name に希望する生物名を記入します。

Taxonomy ID
NCBI Taxonomy ID
Strain, breed, cultivar
微生物の株名,もしくは真核生物の品種や栽培品種。この情報,もしくは "Isolate name or label" を提供してください。
Isolate name or label
単離されたサンプルのラベル名,もしくは個々の動物の名前 (例: Clint)。この情報,もしくは "Strain, breed, cultivar" を提供してください。
Description
Label に対する簡潔な補足情報。
Description of novel organism
Taxonomy データベース への生物登録を申請するための情報を記入します。

Environmental sample information

Target の Sample scope="Environment" のときに Organism information に替わって表示されます。

Environmental sample name*
メタゲノムや環境サンプルなどの生物名を特定できないサンプルについてはこちらのリストから該当するものを選択します。該当するものがない場合は,登録を希望する名前を記載し,サンプルの詳細をEnvironmental sample description に記載します。
Environmental sample description
サンプルの詳細を記載します。

General Properties

対象生物の一般的な性質。

Cellularity
選択肢から Cellularity を選びます。
Cellularity
Unicellular
Multicellular
Colonial
Reproduction
選択肢から Reproduction を選びます。
Reproduction
Sexual
Asexual
Haploid genome size
Kb,Mb や cM で表したハプロイドゲノムのサイズ。
Ploidy
選択肢から Ploidy を選びます。
Ploidy
Haploid
Diploid
Polyploid
Allopolyploid

Organism Replicons

対象となる生物が持っているレプリコンの数,その名前 (例: 1,2,3 や I,II,III),レプリコンの種類 (chromosome など) やレプリコンが存在する細胞内構造。

Name
標準的なレプリコン名。
Type
Replicon type を選択します。
Replicon type
Chromosome
Plasmid
Linkage Group
Segment
Other
Location
レプリコンが存在する細胞内の場所。例: 核,分化した細胞内器官。真核生物,バクテリアや古細菌の染色体の場合 "Nuclear or Prokaryote" を使用します。
Location
Nuclear or Prokaryote
Macronuclear
Nucleomorph
Mitochondrion
Kinetoplast
Chloroplast
Chromoplast
Plastid
Virion or Phage
Proviral or Prophage
Viroid
Extrachrom
Cyanelle
Apicoplast
Leucoplast
Proplastid
Hydrogenosome
Chromatophore
Other
Size
推定されるゲノムサイズとその単位。
Description
レプリコンの通常とは異なる特徴。

Phenotype

対象生物の表現型。

Disease
病気の名前を記入します。
Biotic Relationship
選択肢から BioticRelationship を選びます。
BioticRelationship
FreeLiving
Commensal
Symbiont
Episymbiont
Intracellular
Parasite
Host
Endosymbiont
Trophic Level
選択肢から TrophicLevel を選びます。
TrophicLevel
Autotroph
Heterotroph
Mixotroph

Prokaryote Morphology

対象が原核生物の場合,形態について分かっている情報を記載してください。

Shape
該当する全てのオプションを選びます。
ShapeDescription
Bacillirod-shaped
Coccispherical-shaped
Spirillaspiral-shaped
Coccobacillielongated coccal form
Filamentousfilament-shaped (bacilli thar occur in long threads)
Vibriosvibrio-shaped (short, slightly curved rods)
Fusobacteriafusiform or spindle-shaped (rods with tapered ends)
SquareShaped
CurvedShaped
Tailed
Gram
選択肢からグラム陽性か陰性から選びます。
Gram
Positive
Negative
Motility
選択肢から Motility を選びます。
Motility
Yes
No
Enveloped
対象生物の Envelope の有無を選択します。
Enveloped
Yes
No
Endospores
対象生物が Endospores を形成するかどうかを選択します。
Endospores
Yes
No

Ecological Environment

生息環境。好極限性に関して分かっていることがあれば追加情報として記載します。

Habitat
選択肢から Habitat を選択します。
Habitat
HostAssociated
Aquatic
Terrestrial
Specialized
Multiple
Unknown
Salinity
選択肢から Salinity を選びます。
Salinity
NonHalophilic
Mesophilic
ModerateHalophilic
ExtremeHalophilic
Unknown
Oxygen requirement
酸素要求性を選択します。
OxygenReq
Aerobic
Microaerophilic
Facultative
Anaerobic
Unknown
Temperature range
生息温度での分類を選びます。
TemperatureRange
Cryophilic
Psychrophilic
Mesophilic
Thermophilic
Hyperthermophilic
Unknown
Optimum Temperature
生息の最適温度を Celsius で記入します。

Publication

PubMed ID
文献の PubMed ID(s)。
<Publication id="15557739">
	<DbType>ePubmed</DbType>
</Publication>
<ProjectReleaseDate> ...
DOI
PubMed ID がない場合は DOI を記入し,さらに文献に関する以下の情報を記入します。
<Publication id="10.1093/nar/gku1120">
	<DbType>eDOI</DbType>
</Publication>
<ProjectReleaseDate> ...
Reference title*
論文のタイトル。
Journal title*
雑誌のタイトル。
Year*
出版年。
Volume*
雑誌の巻。
Issue*
雑誌の号。
Pages from*
論文の開始ページ。
Pages to*
論文の終了ページ。
First name*
著者の first name。
MI
ミドルイニシャル。
Last name*
著者の last name。
Suffix
著者の称号。
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