よくある質問

FAQ: 7 件

メタデータの登録*

シークエンスしたゲノム配列それぞれに BioProject/BioSample が必要ですか?

一つの研究計画で複数のゲノム配列を決定した場合,これらのゲノム配列は一つの BioProject に紐づけることができますが,配列が取得されたサンプルは別々の BioSample として登録します。

一つのメタゲノムサンプルから複数のゲノム配列を高い精度で構築したメタゲノムアセンブリの場合,一つの BioProject を登録し,再構成したゲノムアセンブリに対応するサンプルを BioSample として必要数登録します。 ゲノムにアノテーションを付与する場合は,それぞれのゲノム/BioSample に対応する locus tag prefix の取得を DDBJ BioSample チームに依頼します。

作成日: 2015年2月12日; 最終更新日: 2016年12月13日

データの種類ごとに別々のプロジェクトが必要ですか?

必ず必要というわけではありません。研究を表すのに最も適切な方法で BioProject を作成してください。

2014年11月12日から BioProject の Project data type を複数選択できるようになりました。

ゲノム配列と転写産物を解析したプロジェクトを一つにまとめる場合は,Project data type に Genome Sequencing と Transcriptome or Gene Expression の両方を選択してください。Material は1つしか選択できませんので Other を選択してください。

他の方法としては Genome Sequencing と Transcriptome or Gene Expression で別々のプロジェクトを取得し,両者を Umbrella BioProject でまとめてください。

作成日: 2014年11月20日; 最終更新日: 2015年10月13日

BioProject/BioSample 番号の DRA 登録での指定方法は?

BioProject と BioSample の投稿を始めると,それぞれに対して一時的なトラッキング用 ID である PSUB/SSUB 番号が割り振られますが,これらは正式なアクセッション番号ではありません。

BioProject の登録が完了すると PRJDB で始まるアクセッション番号が,BioSample の登録が完了すると,それぞれのサンプルに対して SAMD で始まるアクセッション番号が発行されます。

DRA 登録の過程では,PSUB もしくは PRJDB 番号で BioProject を,そして SSUB + sample name もしくは SAMD 番号で BioSample を指定します。 DRA のデータファイルは一つの BioSample にしかリンクされないことに注意してください。

共同研究でサンプル調整とシークエンシングが別の組織で行われた場合など,他の登録アカウントで取得された BioProject と BioSample ID を DRA から参照することができます。アカウントをまたがった参照を希望する場合は DRA チームまでご連絡ください。アカウントをまたがる場合は BioProject,BioSample と DRA 間での連動公開にご注意ください。

作成日: 2014年6月4日; 最終更新日: 2016年12月13日

アクセッション番号*

論文中で BioProject アクセッション番号を引用すべきですか?

通常は引用すべきではありません。通常は「データ登録」に対するアクセッション番号,例えば DDBJ,WGS,DRA アクセッション番号,を引用してください。 もし,個別の BioProject を参照する必要がある場合は,次のように記載してください。"The data have been deposited with links to BioProject accession number PRJDBxxxxxx in the DDBJ BioProject database (http://trace.ddbj.nig.ac.jp/bioproject/index_e.html)."

作成日: 2015年10月13日

更新*

BioProject を更新するには?

現在のところ,プロジェクトの更新や削除は BioProject チームに連絡する必要があります。BioProject が更新されても,D-way の Overview 画面は更新されないことにご注意ください。Overview 画面は初回投稿時の内容を表示しており,BioProject データベースになされた変更を反映しません。

作成日: 2015年10月13日

論文情報を追加するには?

DDBJ 塩基配列データ

登録データの修正・更新の当該項目を参照の上,登録データの修正・更新申し込みの「論文が公開されました」から担当者に連絡します。配列エントリのフラットファイルに論文情報が記載されます。

DRA

DRA 番号を引用している論文情報は参照している BioProject に追加します。BioProject チームに論文情報の追加を依頼します。

BioProject

BioProject に論文情報の追加を依頼します。基本的に BioProject 番号の論文中での引用は推奨していません

BioSample

BioSample に登録したサンプルから得られた実験データが DDBJ 塩基配列データベースや DRA に登録されている場合,各データベース毎に記載した手順に従って論文情報を更新・追加します。

サンプルの単離や生育条件の詳細を記載している論文は isol_growth_condt に, ゲノム配列を報告した論文は ref_biomaterial に pubmed ID などを記載します。

上記以外の論文情報を BioSample に追加したい場合は BioSample チームに連絡してください

作成日: 2013年10月8日; 最終更新日: 2016年9月5日

データの公開*

BioProject/BioSample/塩基配列データの連動公開の仕組みは?

相互にリンクされている BioProjectBioSampleDDBJDRA に登録された塩基配列データの連動公開の仕組みは以下のようになっています。

  • BioProject の公開はリンクされているデータの連動公開を引き起こしません。
  • BioSample の公開はリンクされている BioProject の連動公開を引き起こしますが,塩基配列データの連動公開を引き起こしません。
  • DDBJ と DRA の塩基配列データはリンクしている BioProject と BioSample の連動公開を引き起こします。

DRA ではメタデータとシークエンスデータは DRA 登録 (submission) 単位で公開されます。

BioProject/BioSample/塩基配列データの連動公開
BioProject/BioSample/塩基配列データの連動公開

DRA Handbook: DRA のデータ公開
BioProject Handbook: BioProject のデータ公開
BioSample Handbook: BioSample のデータ公開

作成日: 2014年12月15日; 最終更新日: 2017年2月16日